Bonjour,
Nous avons pour notre 3ème séquence GOS__815030.37 trouvé un ORF très long de 950 pb (presque toute notre séquence) dans le sens indirect et dans le cadre de lecture 3 qui laisse supposé qu'il soit codant. Nous avons ensuite recherché la présence de domaines protéiques connus sans résultat. Puis nous avons effectué des blastp contre swissprot, nr et environnemental là aussi aucun résultat ce qui est très surprenant étant donné la longueur de notre ORF. Puis dans FAQ nous avons vu qu'avant de conclure qu'une séquence était non codante il fallait effectué un blast x contre nr ce que nous avons fait. Nous avons obtenu de très bons résultat lors de ce blast ce qui veut donc dire que comme nous le supposions notre séquence est codante.
Seulement maintenant nous nous posons les questions suivantes:
Doit on s'arrêter là et conclure que nous avons une séquence codante pour un nouveau gène inconnu jusqu'à ce jour ?
Ou doit on continuer le processus normal d'annotathon en utilisant le blast x pour la suite (alignement multiple, rapport taxonomique, phylogénie).

Nous vous remercions par avance de votre réponse,

DUNET Laura
GERSTEL Audrey

Bonjour,

Attention avant de tirer des conclusions hâtives suite à votre blastX.
Le blastX part de votre séquence nucléique et va la traduire dans les 6 cadres de lectures. Chacune des traduction va être ensuite comparée à une banque de séquence protéique. Donc il est possible que les hits que vous détectez par blastX correspondent à des ORF différents de celui que vous étudiez.
Il serait très surprenant (mais pas impossible) que vous détectiez des hits entre votre ORF et une banque protéique en utilisant le blastX et mais pas avec le blastp, puisque dans les deux cas ce qui est comparé est la séquence protéique.

Donc assurez-vous que les résultats que vous observez au niveau du blastX sont bien reliable à l'ORF que vous étudiez.

Si ils ne correspondent pas à votre ORF, cela va confirmer vos résultats obtenus par blastp et donc les analyses vont s'arrêter là, et vous devez terminer votre interprétation avec les résultats que vous avez. Néanmoins dans la conclusion vous pouvez discuter du fait que votre fragment d'ADN contient ou non d'autres ORF qui ont l'air d'avoir des homologues.

Cordialement,

Céline brochier

Bonjour,
Bonjour,
Pour la correction de notre 3ème séquence GOS__815030.37 vous avez marqué pour l'analyse blast "vous n'avez pas collé les résultats de tous les blasts. Que vous donne le bast contre la banque environnementale en partant de la séquence nucléique?" J'ai vérifié et j'ai effectivement fait une erreur de manipulation qui n'a pas coller les résultats de blast p contre environnementale. Je me demande donc si vous souhaitez que j'effectue une autre analyse blast x contre envir ou si il s'agit d'une erreur de frappe et que vous ne vous vouliez dire "en partant de la séquence protéine" donc pour mon blast p contre envir et pas " en partant de la séquence nucléique".
Car si je dois effectué un blast x contre envir je ne comprends pas car toutes nos analyses ne donnent pas de résultats et le blast x contre nr était déjà un moyen de vérifier nos analyses, je ne comprendrai pas l'intérêt d'un tel blast et qu'est qu'il pourrait apporté de plus a notre conclusion.

En vous remerciant

DUNET Laura
GERSTEL Audrey