Bonjour,

Nous sommes actuellement à notre troisième séquence.
Après un BLASTp contre NR, nous avons pu élaborer notre groupe d'étude qui est composé de gamma-protéobacteries et un groupe éxterieur composé de beta protéobacteries.

Cependant, l'arbre phylogénétique obtenu (phylogeny.fr / phyML), nous montre notre groupe éxterieur au milieu du groupe d'étude, ce qui a attiré notre attention.

De ce fait, on se demande si nous devons garder notre groupe d'étude ainsi que notre groupe éxterieur, ou bien si au contraire, nous devrions regrouper gamma et beta dans notre groupe d'étude, et sélectionner les alpha pour constituer notre groupe éxterieur.

Nous vous remercions d'avance pour votre aide.

Bonjour,

Lorsque vous faites votre arbre sur phylogeny.fr, lors de l'étape finale (la visualisation de l'arbre) le serveur enracine l'arbre automatiquement à la fois pour des raisons d'esthétique et puis aussi parce que l'algorithme utilisé pour cela tombe souvent juste. Néanmoins ce n'est pas toujours le cas, et parfois on se retrouve à devoir réenraciner l'arbre nous même, ce qui se fait très facilement sur phylogénie.fr.

Regardez votre groupe extérieur : on peut voir qu'il n'est pas disséminé dans votre groupe d'étude mais qu'il forme bien un groupe uni, à part, à l'intérieur de votre groupe d'étude.
La séparation entre vos deux groupes (étude et extérieur) vous sautera aux yeux après avoir réenraciné votre arbre.


Bonne journée,

Raphaël Bourgeas