Bonsoir monsieur ou madame,

J'ai effectué une blastp contre nr et un blastn contre env-nt qui me donne des résultats mauvais. Une de vos collègues dans le td de ce matin m'a conseillée de réaliser 2 alignement multiples: un avec les séquences obtenues par blastp et un autre avec celles de blastn. Elle m'a dit que vu mes résultats un arbre phylogénique ne serait pas réalisable mais qu'avec des alignements je pourrais discuter de l'homologie de mon ORF avec certaines séquences comme celles des eucaryotes.

C'est là que je rencontre un  problème : lors de l'alignement avec les séquences issues de blastp l'étape de curation échoue, le logiciel me dit que "GBlocks n'a pas trouvé tout l'alignement et le site de workflow a été arrêté; Cela signifie généralement l'alignement n'est pas reliable". Avec cela puis-je en conclure qu'il n'y a pas de relation d'homologie entre mes séquences où dois je effectuer une autre manip permettant d'invalider ou de confirmer ce résultat ?
Dans l'autre alignement l'étape de curation se réalise mais j'obtiens des alignements avec un score de 0 % car j'ai seulement 107 positions sur 6622 qui s'alignent. Puis je aussi m'arrêter là et en conclure qu'il n'y a pas d'homologie pour mes séquences et donc qu'un arbre ainsi que la détermination de la phylogénie n'est pas possible ?  

Dans l'attente de votre réponse, je vous remercie d'avance.

                                     Nathalie LONG

Bonjour Nathalie,

C'est moi, qui vous ai conseillée lundi matin, mais il me semble que mon message n'est pas passé. Peut être je me suis mal exprimé. J'ai voulait surtout souligné que vous ne pouvez par mélanger les séquences nucléiques et protéiques dans un alignement.

Le fait que votre alignement est mauvais et que GBLock retient pas ou peu de sites indique en effet que vous avez inclus  les séquences non-homologues dans l'alignement. Mais cela ne veut pas dire que vous avez aucune homologues dans votre alignement. Si vous trouvé certaines régions qui sont similaires entre plusieurs séquences, cela peut être le signe de homologie  entre les séquences qui partage ces signaux, tandis que les autres sont non-homologues. Vous devrai aussi recouper ces informations avec les e-values, scores positions de HSP etc. pour identifier le homologues et des non-homologues. Une fois vous avez sélectionné vos homologues vous pouvez faire un alignement correcte.

Attention il me semble que vous avez mélangé vos différent résultat. Le résultat de BLAST contre env. indique que vous avez utilisé les protéines, tandis que pour l'alignement, vous avez des acides nucléiques. Je vous conseille de faire un BLASTp contre nr et un BLASTp contre env. (je suppose que ce sont des résultat affiché) Copiez le taxonomie report des deux BLAST dans l'annotathon. Si vous avez peu de homoloques dans la banque environnemental, vous pouvez aussi faire un blastn de votre ORF nucléique contre le banque environnemental pour voir si vous avez plus de hit. Si ce n'est pas le cas, vous ne devrez pas s'occuper le résultat de blastn, basez vos analyses sur les résultats de BLASTp.

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Vous pouvez
1- Décrire vos résultats & discuter de leur sens (abondance des homologues dans des organismes non cultivés...)
2- Vous pouvez réaliser un alignement multiple avec ces séquences environnementales et même faire une analyse phylogénétique. De cette analyse phylogénétique vous ne pourrez pas déduire d'affiliation taxonomique, mais au moins discuter de l'abondance et de la conservation de cette séquence.
Sur la base de l'alignement multiple, vous pourrez en outre préciser (ou pas) la position de votre codon d'initiation

Cordialement,

Emese Meglecz

Bonjour,

Petite remarque: pourquoi avez-vous fait un blastn ? quel était votre objectif ? D'autres blast n'auraient-ils pas été plus intéressants?

Cordialement,

Céline Brochier