Bonjour,
Après avoir effectué deux BLASTp (un contre nr l'autre contre environmental)nous obtenons les résultats suivant:
-Contre nr nous avons une e value minimum de 3,8  
-contre environmental la evalue minimum est de 8e-25 et les résultats correspondent tous à des "hypothetical protein".
Dans ce cas doit-on continuer notre analyse sur cette séquence ou doit-on directement conclure sans analyse taxonomique.

Merci d'avance

Bonjour,

Premièrement vous devez traité la question si les hits observés sont homologues ou pas.
Ensuite, utilisant uniquement des homologues, vous pouvez

1- Décrire vos résultats & discuter de leur sens (abondance des homologues dans des organismes non cultivés...)
2- Vous pouvez envisager de réaliser un alignement multiple avec ces séquences environnementales et même faire une analyse phylogénétique. De cette analyse phylogénétique vous ne pourrez pas déduire d'affiliation taxonomique, mais au moins discuter de l'abondance et de la conservation de cette séquence.
Sur la base de l'alignement multiple, vous pourrez en outre préciser (ou pas) la position de votre codon d'initiation

Cordialement,

Emese Meglecz

Bonjour,

J'ai lu avec attention votre réponse, cependant n'ayant eu qu'une séance de TD/TP je ne sais pas vraiment quand on doit considérer que nos hits sont homologues ou non même si je regarde les alignements 2 à 2. Donc est-il possible d'avoir de nouvelles informations sur le sujet.

Merci
Bergogne Magali

Bonjour,

Malgré les indications des règles du jeux je n'arrive à trouver où chercher pour renseigner des champs suivants:
-Gene
- NCBI identifiant ou nom spécifique

Cordialement                    (Madi,Aggoun,Quan)

Bonjour,

Le champ Gene est à remplir seulement, si vous avez trouvé des homologues bien caractérisés. Certains gènes ont un identifiant court par exemple: INS pour l'insuline. Vous pouvez le trouver dans la ligne de définition de format fasta.

Vous pouvez trouver l'identifiant numérique NCBI d'un taxon dans TaxBrowser de NCBI.

Cordialement,

Emese Meglecz

Bonjour,

Vous pouvez trouver aussi le symbole du gène dans les fiches d'homologues provenant de swissprot. En effet, si le gène a été très étudié alors il a très probablement des homologues présents dans cette banque de séquences.

Cordialement

Céline Brochier