louss_riquet
9 Mar 2009 11:22
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Nous avons fait une recherche de domaine protéique avec interpro.
Nous avons du mal à interpréter les résultats obtenus puisque nous ne comprenons pas à quoi correspondent les domaine et les familles.
Merci. |
louss_riquet
9 Mar 2009 11:48
Contribution non évaluée |
Avec la recherche interpro nous obtenons les résultats suivants:
Sequence_1 3D1AD8B130C837E4 283 superfamily SSF52518 Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) 13 250 2.9e-62 T 09-Mar-2009 NULL NULL
Sequence_1 3D1AD8B130C837E4 283 HMMPfam PF00676 E1_dh 1 230 7.9e-18 T 09-Mar-2009 IPR001017 Dehydrogenase, E1 component Biological Process: metabolic process (GO:0008152), Molecular Function: oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, disulfide as acceptor (GO:0016624)
Sequence_1 3D1AD8B130C837E4 283 Gene3D G3DSA:3.40.50.970 no description 1 257 9.8e-56 T 09-Mar-2009 NULL NULL
Sequence_1 3D1AD8B130C837E4 283 HMMPanther PTHR23152 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE 47 283 2.2e-105 T 09-Mar-2009 IPR011603 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component Molecular Function: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity (GO:0004591), Biological Process: glycolysis (GO:0006096), Molecular Function: thiamin pyrophosphate binding (GO:0030976)
Que signifie le NULL NULL?
Merci encore. |
Brochier09
14 Mar 2009 17:23
Maître de jeu |
Bonjour,
Le NULL indique tout simplement que la donnée correspondante est manquante.
Attention, quand vous allez reporter vos résultats, copiez/collez tous les résultats bruts.
Par contre, vous devez analyser les résultats et n'indiquer que les domaines pertinents, c'est-à-dire ce qui correspond à de vrais domaines (en faisant attention de bien identifier les faux positifs).
Par ailleurs les domaines fonctionnels d'INTERPRO sont organisés de manière hiérarchique. Par exemple des domaines peuvent être inclus dans d'autres, et dans ce cas, il ne faut faire figurer qu'un seul de ces domaines.
Pensez également à discuter vos choix ainsi que les e-values
Cordialement
Céline Brochier |