Madame,Monsieur,

J'ai choisi comme groupe d'étude eucaryotes + alpha-protéo car nous suspectons un gène mitochondrial. Le problème est que je ne sais pas si je dois prendre un groupe extérieur ou pas et si oui, lequel?

Sophie Mercati

Si ton groupe etude est alpha protéo (avec les eucaryotes compris dans cette hypothese à cause d'une eventuelle endosymbiose) alors les groupes ext possibles correspondent à ceux etant directement derrieres au niveau des phylum de ref ... pour voir ça , tu peux aller dans les regles du jeu au niveau des choix pour les groupes ou dans la foire aux questions...
Mais je peux te dire que les Gext possibles dans ce cas correspondent aux epsilon et delta mais je crois que ce qui correspondrait mieux serait les beta et les gamma (juste avant dans le phylum de ref) car si je ne me trompe pas , ton rapport taxonomique en possede et avec de tres bons scores !!!

Voilà , bon courage pour la suite !!
Par contre , fais attention à ne pas choisir des séquences au dessous du score seuil ...
je ne sais pas lequel vous avez choisi mais il ne faut pas tomber dans ce piege surtout que tes differentes séquences dans le rapport taxonomique sont assez dispatchées ..

Macch Magali

regarde si en mettant ces séquences , ton alignement est toujours bon ; puis si ta séquence ne se niche pas autre part que ton hypothese de départ cad Alpha .
Fait ça en enracinant sur le groupe extérieur "beta ou gamma " et si rien est perturbé alors tu tiens ta conclusion !!!

Magorne a quasi tout dit; et c'est décrit en détail dans le PDF de phylogénie. En gros, s'il y a des homologues bactériens hors alpha-protéo, alors oui vous pouvez ajouter un groupe extérieur.