meline
17 Dec 2008 23:01
Contribution non évaluée |
Bonsoir, (notre pseudo est meline)
après avoir reçu la première correction de notre troisième séquence, nous avons essayé de faire ce que vous nous avez conseillé pour le choix des homologues (choisir inteligemment nos sequences parmis les Firmicutes, Cyano, gamma et beta (50 sequences maximun) et refaire un autre arbre sans enracinement). L'arbre obtenue est le suivant et il ne permet pas de conclure à propos du groupe d'étude donc nous sommes bloquées.
+--------------Rhodopseudomonas_palustris_HaA2 [proteobactérie]
+----+
| +---------Brucella_abortus_bv._1_str._9-941[proteobactérie]
+----------------+
| +--------------Phenylobacterium_zucineum_HLK1[proteobactérie]
|
+----+ +-----------------------------Nitrosospira_multiformis_ATCC_2519[proteobactérie]
| | |
| | | +-------------------------------Nitrococcus_mobilis_Nb-231[proteobactérie]
| +-------------+ |
| | | +--------------------Acinetobacter baum[proteobactérie]
| +----+ |
| | +---------+
| +--------+ +----------------------Idiomarina_baltic[proteobactérie]
+---------+ |
| | +--------------Legionella_pneumophila_subsp [proteobactérie]
| |
| | +----------------------Desulfovibrio_piger_[proteobac]
| | |
| | | +------------Nostoc_sp._PCC_7120 [cyanobactérie]
| | | +-+
| | | | | +--------Cyanothece_sp._PCC_7424[cyanobactérie]
| +-----+ | +--+
| | +----------------+ +----------Synechococcus_sp._PCC_7002[cyanobactérie]
| | | |
| | | | +-------------Synechococcus_sp._CC9902[cyanobactérie]
| +----+ +----------+
| | +-------------Prochlorococcus_marinus_str._A[cyanobactérie]
| |
| +--------------------------GOS_687030_Traduction_3-821_sens_direct
|
|
| +-------Heliobacillus_mobilis[firmicutes]
|-----------+
| +-----Heliobacterium_modesticaldum_Ice1[firmicutes]
|
| +-------------------------Clostridium_perfringens_str._13[firmicutes]
| |
| | +------------Lactobacillus_brevis_ATCC_367[firmicutes]
| | +-------+
| | | | +------------------------Oenococcus_oeni_PSU-1[firmicutes]
| | | +--+
+---+ +-----+ +---------------------------------------------------Coprothermobacter_[firmicutes]
| | |
| | +--------------------------------------Clostridium_spiroforme_DSM_1552[firmicutes]
| |
| | +-Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168[firmicutes]
| | +----+
+--+ | +--Bacillus_licheniformis_ATCC_14580[firmicutes]
| ++
| || +----Geobacillus_kaustophilus_HTA426[firmicutes]
| |+--+
| | +--------------------Paenibacillus_sp._JDR-2[firmicutes]
+----+
|
| +---------------Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_COL[firmicutes]
| |
| | +---Streptococcus_mutans_UA159[firmicutes]
+---+ +---------+
| | | +----Streptococcus_pneumoniae_R6[firmicutes]
| | +-+
+----+ +----Streptococcus_pyogenes_MGAS6180[firmicutes]
|
+-------Listeria_welshimeri_serovar_6b_str._SLCC5334[firmicutes]
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Hingamp_BC08
18 Dec 2008 19:42
Maître de jeu |
Je suppose que votre groupe d'étude est les "bactéries en général"? L'arbre est très cohérent, et votre ORF semble émerger entre les protéo et les cyano. Si vous avez d'autres protéo et cyano disponibles pour enrichir l'arbre, peut-être arriverez-vous à faire intégrer votre ORF dans l'une ou l'autre des deux phyla? Représentez bien ces groupes, par exemple sur votre arbre on ne sait pas si vous avez choisi des alpha, des beta ou d'autres protéo? Il faut représenter le protéo et les cyano le plus largement possible. Si l'ORF s'obstine à rester entre les deux, consultez à nouveau le PDF de Phylogénie, tout cela y est expliqué. |