Bonsoir,

Nous avons beaucoup BEAUCOUP de mal à interpréter notre arbre, bon d\'accord la séquence de notre ORF ressort par les deux méthodes clairement dans les a-proteobacteries, ce qui  aprioris devrait nous suffire à conclure, cependant nous sommes très insatisfait de la manière dont s\'est disperser notre GO (euryarchaeotes), et les autres bacteries de notre groupe d\'étude (bacteries dans leur ensemble). De plus les deux arbres n\'ont pas grand chose à voir ensemble, si ce n\'est pour les proteobacteries...

Merci par avance pour votre aide.

Je suis d'accord avec vous sur tous les points: arbres peu cohérents avec la phylo de référence (y compris c'est exact un Gext niché dans le Gétude!), mais une parenté apparente de votre ORF avec les a-protéo par les 2 méthodes. L'aln multiple n'est pas transcendant, mais il me semble que toutes les séquences sont en effet homologues donc légitimes. Donc reste à dégainer les deux hypothèses les plus typiques pour expliquer ce genre de phylogénie des gènes en apparence "désordonnée": duplication de ce gène assez loin dans l'histoire de ces microorganismes, et/ou transferts horizontaux (HGT). Mais en regardant la fonction de votre ORF (multidrug efflux pump!), j'opterai peut-être plus volontier pour HGT car ces gènes à haute valeur ajoutée de survie sont plus susceptibles à des échanges latéraux que la moyenne...

Merci beaucoup pour cette réponse, bien que la présence de tant de transferts horizontaux nous avait semblait étrange, c'est ce que nous avions finis par conclure, votre réponse nous apporte des éléments supplémentaires, merci encore!

Cordialement.