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Etiquette |
marmoh
16 Dec 2008 10:59
Contribution: Pertinent |
bonjour,
Juste une précision si on a fait un blast avec les séquences environnementales, alors comme étiquette pour l'alignement multiple puis l'arbre on met seulement GOS ( plus le numéro) ?
merci |
Hingamp_BC08
16 Dec 2008 11:14
Maître de jeu |
En effet, pas grand chose à se mettre sous la dent:)
L'idéal pour les séquences environnementales serait d'étiqueter avec les lieux d'échantillonnage (ex Iles Caïmans, toilettes du TPR2, chaussure pointure 43 etc.) |
marmoh
16 Dec 2008 12:51
Contribution non évaluée |
ok merci beaucoup! :-D |
marmoh
16 Dec 2008 14:24
Contribution: Pertinent |
Bon nouveau problème!
Je n'arrive pas à trouver les séquences environnementales dans genbank ou dans l'annotathon pour trouver le lieu ou les 4 homologues que nous avons on été péché!
En cliquant sur le GOS... dans le blast ça donne rien, dans genbank je sais pas comment chercher à partir d'un numéro d'accession!
Pouvez m'indiquer ou est ce que je peux trouver l'ensemble des séquences associer au lieu ou elles ont été péché pour pouvoir faire ces étiquettes?.. (est ce que ça existe ?!)
merci |
Hingamp_BC08
16 Dec 2008 16:39
Maître de jeu |
C'est en effet vraiment très galère pour trouver les lieux exact d'échantillonnages! Il faut noter les N° des séquences et faire une recherche sur le site du CAMERA, ou y refaire un BLAST; sauf que pour ça, il faut y ouvrir un compte (gratuit, mais c'est assez pénible avec des délais imprévisibles). Donc, dans votre cas, indiquez "Marine métagenome", c'est une info, peu spécifique, certes, mais utile car dans cette banque ENV il y a aussi des "Uncultured Human Fecal Virus Metagenome" (voyez que mon commentaire ci-dessus n'était pas une boutade...) |
Hingamp_BC08
19 Dec 2008 12:36
Maître de jeu |
Après avoir fait un tblastx sur le site de CAMERA de votre séquence pour voir d'où proviennent ses homologues environnementaux, c'est très interessant car parmis les centaines d'échantillons présents dans la base de données CAMERA (dont la soixantaine Venter/GOS) on constate que les 80 hits de E-value < 10E-10 viennent tous (à une seule exceptions près) de 5 échantillons tous localisés autour du canal de Panama... Le microbe d'où vient ce gène n'est pas réparti uniformément sur toute la planète!
[img]http://annotathon.univ-mrs.fr/Metagenes/images/Camera_tblastx.png[/img] |