Bonjour,

Je suis une étudiante en L3 biologie cellulaire. Je voudrais vous poser des questions suite à la correction que vous avez fait de notre séquence GOS_696030.94 .

Nous avons sélectionné des homologues avec un score au dessus de 60 et des e value autour de 10e-10. 60 est un score déjà peu élevé, en considérant des valeurs encore plus petites pour augmenter la diversité a - t- on encore des homologues de notre séquence ?
Du coup c'est vrai qu'avec notre choix de prendre le seuil à 60 on a des groupes sous représenté comme les delta protéobactéries voir pas représentés comme les firmicutes. Après relecture des arbres je suis d'accord que notre séquence ne se niche pas dans les CFB mais plutôt entre les CFB et les deltaprotéobactéries. Et qu'augmenter la représentation de ces groupes pourrait peut être apporter une réponse.
En fait je suis étonnée du fait qu'on puisse mettre dans l'alignement ou l'arbres des séquences avec des si faibles scores ( par exemple pour les delta :il n'y en a que 5 dans tous le rapport taxonomique dont 3 avec un score proche de 40 seulement).
Jusqu'à quel score et quelle e value pensez vous qu'on peut descendre? Peut on par exemple fixer un seuil de 40 sachant que les evalue correspondante sont de 0 .

C'est vrai aussi que nous n'avons pas discuté des e values des prédictions de domaines dans l'analyse des domaines mais nous l'avons finalement fait dans la conclusion .Nous éliminons deux domaines pour garder celui avec la e value de 9.1e-05 même si elle n'est pas très élevée ("La e value du premier domaine est plus forte et ce domaine correspond à  Ribosomal protein S5 domain 2-type fold. Comme le domaine conservé est un domaine que l'on retrouve dans les ribosomes et que les ribosomes sont très similaires chez les  eucaryotes et chez les procaryotes alors c'est pour cette raison que l'on a des scores similaires chez les eucaryotes et chez les procaryotes.")

Que pensez vous de cette hypothèse? Est ce que la evalue de 9.1e-05 est trop faible pour faire cette hypothèse?
Est ce qu'il vaut mieux qu'on dise que comme les homologues les plus proches ont comme fonction diphosphomevalonate decarboxylase alors on peut supposer que notre séquence aussi ?

Enfin je ne comprend pas pourquoi vous nous dites :
"blast:taxonomie:Il faut mettre la liste des séquences sélectionnées pour l'alignement multiple, avec leur score et evalue (cf. règles du jeu)"
Car nous l'avons mise cette liste dans l'analyse du rapport taxonomique.

Merci d'avance de l'attention que porterez à mon mail.

Leblanc Marion

(Binome marmoh)







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Suite à mon mail je poste aussi le message dans le forum!

Bonjour,

Je suis une étudiante en L3 biologie cellulaire. Je voudrais vous poser des questions suite à la correction que vous avez fait de notre séquence GOS_696030.94 .

Nous avons sélectionné des homologues avec un score au dessus de 60 et des e value autour de 10e-10. 60 est un score déjà peu élevé, en considérant des valeurs encore plus petites pour augmenter la diversité a - t- on encore des homologues de notre séquence ?
Du coup c'est vrai qu'avec notre choix de prendre le seuil à 60 on a des groupes sous représenté comme les delta protéobactéries voir pas représentés comme les firmicutes. Après relecture des arbres je suis d'accord que notre séquence ne se niche pas dans les CFB mais plutôt entre les CFB et les deltaprotéobactéries. Et qu'augmenter la représentation de ces groupes pourrait peut être apporter une réponse.
En fait je suis étonnée du fait qu'on puisse mettre dans l'alignement ou l'arbres des séquences avec des si faibles scores ( par exemple pour les delta :il n'y en a que 5 dans tous le rapport taxonomique dont 3 avec un score proche de 40 seulement).
Jusqu'à quel score et quelle e value pensez vous qu'on peut descendre? Peut on par exemple fixer un seuil de 40 sachant que les evalue correspondante sont de 0 .

C'est vrai aussi que nous n'avons pas discuté des e values des prédictions de domaines dans l'analyse des domaines mais nous l'avons finalement fait dans la conclusion .Nous éliminons deux domaines pour garder celui avec la e value de 9.1e-05 même si elle n'est pas très élevée ("La e value du premier domaine est plus forte et ce domaine correspond à  Ribosomal protein S5 domain 2-type fold. Comme le domaine conservé est un domaine que l'on retrouve dans les ribosomes et que les ribosomes sont très similaires chez les  eucaryotes et chez les procaryotes alors c'est pour cette raison que l'on a des scores similaires chez les eucaryotes et chez les procaryotes.")

Que pensez vous de cette hypothèse? Est ce que la evalue de 9.1e-05 est trop faible pour faire cette hypothèse?
Est ce qu'il vaut mieux qu'on dise que comme les homologues les plus proches ont comme fonction diphosphomevalonate decarboxylase alors on peut supposer que notre séquence aussi ?

Enfin je ne comprend pas pourquoi vous nous dites :
"blast:taxonomie:Il faut mettre la liste des séquences sélectionnées pour l'alignement multiple, avec leur score et evalue (cf. règles du jeu)"
Car nous l'avons mise cette liste dans l'analyse du rapport taxonomique.

Merci d'avance de l'attention que porterez à mon mail.

Leblanc Marion

(Binome marmoh)




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