Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Choix du groupe extérieur

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Choix du groupe extérieur
madixu
23 Mar 2007 11:06
Contribution non évaluée
bonjour je choisir les seq peoteobacteria commes le groupe interieur,,

et tous les seq restant sot :(chlamydias]  [monocots]   [eubacteria]   [cyanobacteria]

[high GC Gram+]  [thermotogales]  [planctomycetes] [spirochetes)    [aquificales]  

commen je choisir le groupe exterieur alors qu'il n'y a que des bactéries dans le grpe d'etude??   merci
Brochier_B07
23 Mar 2007 11:20
Maître de jeu
Bonjour,
Je ne comprends pas bien votre problème. Vous dites que les séquences de proteobacteria (sous groupe bactérien) constituent votre groupe d'étude. Vous devez donc choisir comme groupe extérieur des séquences ne provenant pas de proteobacteria, mais qui peuvent être bactériennes par ailleurs.
Cordialement,
Céline Brochier
madixu
23 Mar 2007 11:36
Contribution non évaluée
  mais apres choisir le groupe inyerieur ,les seq restes sont encor sous groupe bqcteria
Brochier_B07
23 Mar 2007 11:52
Maître de jeu
Si votre groupe d'étude est défini comme étant les proteobacteria, les bacteria qui ne sont pas des proteobacteria (c'est-à-dire toutes les autres bactéria) ne font pas partie de votre groupe d'étude. Rien ne vous interdit donc de les utiliser comme groupe extérieur.
Cordialement,
Céline Brochier
madixu
23 Mar 2007 12:04
Contribution non évaluée
  merci    je trouve dans l arbre ,les 2groupe separe,mais mon seq dans le groupe exterieur
Brochier_B07
23 Mar 2007 13:00
Maître de jeu
Dans ce cas c'est que vous avez mal défini votre groupe extérieur et groupe d'étude.
Il faut donc peut-être revoir votre définition du groupe d'étude et du groupe extérieur.
Cordialement,
Céline Brochier
madixu
5 Apr 2007 11:46
Contribution non évaluée
bonjour on envoye les 2 lots deja 1 semainne ,mais on a pas recu le resultat..

maireci
Herrman_B07
5 Apr 2007 11:55
Maître de jeu
voilà c'est fait!