Bonjour madame, 

Nous avons un petit soucis... lors de notre dernier TP nous vous avons montré notre taxonomie pour sélectionner les groupes d'étude et externe ainsi que les arbres et tout semblait correct, nous étions même descendu au rang de l'ordre pour plus de précision, voila seul soucis c'est au calcul des différentiels d'E value... les résultats sont catastrophiques, les valeurs étant séparées que de 1 à 5 log valeur... donc il y a chevauchements des groupes, est ce que je laisse comme ça puisque notre ORF ressort bien dans l'arbre et on indique que les résultats de différentiels sont mauvais ou est ce qu'on remonte d'un cran à la classe au lieu de rester à l'ordre ?

Merci pour votre aide et passez une bonne journée 

BAGNOL Ambre 

Bonjour, 

Il n'y a pas de limite pour le différentiel d'e-value. L'essentiel est de trouver le groupe d'appartenance.

C'est un indicateur que vous pouvez utiliser pour discuter le panorama de la table 5, pour les chevauchements d'e-value entre groupes.

Pour le groupe d étude et externe, quand il est important on peut s'attendre à bien séparer les groupes. Quand il est faible on peut s'attendre à des mélanges entre les groupes.

Ds votre arbre phyML, votre seq émerge ds le groupe d'étude, mais il n'y est ancré que par une seule seq. Par contre, avec l'arbre bionj, l'orf se retrouve entre le groupe d'étude et le groupe externe, elle n'est pas dans le groupe d'étude. Cet arbre là ne permet pas de conclure. 

Ca peut être lié a la sélection de seq simplement. Votre groupe d'étude comprend seulement 16seq... c'est un peu juste. La consigne est entre 20 et 30, et plutôt 30 seq... surtout que vous en avez 54 de disponibles dans le taxreport (et non 94, prenez plutôt le nb d espèces pour la table 5, ce sont les seq dispo ds le tax report).

Essayez d'enrichir le groupe d'étude en nb de seq, et attention à bien répartir la sélection des seq sur la gamme d'e-value du groupe choisi pour voir si la seq émerge mieux dans ce groupe.

Bon travail,

BW

Bonjour, 

Il n'y a pas de limite pour le différentiel d'e-value. L'essentiel est de trouver le groupe d'appartenance.

C'est un indicateur que vous pouvez utiliser pour discuter le panorama de la table 5, pour les chevauchements d'e-value entre groupes.

Pour le groupe d étude et externe, quand il est important on peut s'attendre à bien séparer les groupes. Quand il est faible on peut s'attendre à des mélanges entre les groupes.

Ds votre arbre phyML, votre seq émerge ds le groupe d'étude, mais il n'y est ancré que par une seule seq. Par contre, avec l'arbre bionj, l'orf se retrouve entre le groupe d'étude et le groupe externe, elle n'est pas dans le groupe d'étude. Cet arbre là ne permet pas de conclure. 

Ca peut être lié a la sélection de seq simplement. Votre groupe d'étude comprend seulement 16seq... c'est un peu juste. La consigne est entre 20 et 30, et plutôt 30 seq... surtout que vous en avez 54 de disponibles dans le taxreport (et non 94, prenez plutôt le nb d espèces pour la table 5, ce sont les seq dispo ds le tax report).

Essayez d'enrichir le groupe d'étude en nb de seq, et attention à bien répartir la sélection des seq sur la gamme d'e-value du groupe choisi pour voir si la seq émerge mieux dans ce groupe.

Bon travail,

BW