J'ai supprimé comme vous me l'avez dis la table qui contenait les résultats interpro avant nettoyage de le redondance.

Vous avez aussi signifié que je pouvais encore simplifié la table des résultats après nettoyage de la redondance.

Cependant, je ne vois pas ce que je peux enlever de plus car d'après ce que j'ai compris des résultats interpro, l'ORF code pour une protéine qui appartient à la famille " Precorrin-2 C(20)-methyltransferase", qui possède un domaine "Tetrapyrrole methylase ", lui même possédant deux sous domaine "Tetrapyrrole methylase, subdomain 1" et "Tetrapyrrole methylase, subdomain 2" (ce qui est cohérent avec les positions), qui a pour activité catalytique "precorrin-2 C20-methyltransferase activity" (terme GO le plus précis) et qui participe à la biosynthèse de la vitamine B12 (cobalamin).

Est que je me serais trompé dans l'interprétation des résultats ?

Merci à vous.

Désolé pour le nombre de questions.

Cordialement.

Amine Bendjama.

Bonjour,

Effectivement, TOUS les domaines intégrés dans Interpro que vous obtenez en résultat DOIVENT apparaître dans la table, donc TOUS les différents N° IPR.

Il me semblait avoir vu des "No IPR", des domaines non intégrés dans interpro dans votre table, d'où la remarque... mais c'était peut-être dans celle avant nettoyage de la redondance.

Par contre, d'après le résultat graphique, votre figure 2, je vois 6 N° IPR différents ?

Si c'est le cas, il devraient TOUS apparaître dans la table 2, et il faut expliquer leurs liens.

Par exemple : IPR000878 et IPR006364 possède un lien de parenté (cf "domain relationships", en haut de la fiche interpro) : Tetrapyrrole methylase (IPR000878) est une catégorie parente (niveau hiérarchique plus élevé) qui contient plusieurs catégories enfants, dont Precorrin-2 C(20)-methyltransferase domain (IPR006364), (niveau hiérarchique plus bas, qui précise d'avantage la foonction.)

Bon Travail,

BW