Bonjour, 

Je me permets de vous contacter car lorsque je prend mon ORF le plus grand et que je lance la recherche de domaines protéiques, je tombe seulement sur des prédilections (sans code interpro et e-value). Ensuite, pour blast je trouve seulement 4 résultats avec refseq mais le rapport taxonomique me sort seulement le résultat le moins probable, avec la e-value la plus haute. 

Je suis donc bloqué pour l'allignement multiple et la suite de l'analyse.

Avez-vous une solution ou alternative à proposer ? 

Vous remerciant par avance pour votre réponse.

Bonjour,

Ce sont des situations fréquentes lorsqu'on travaille sur des données bio réelles, ce qui est le cas ici.

Ce n'est pas un problème, car on vous demande de réaliser la meilleure analyse possible. Vous n'êtes pas pénalisé si il y a peu d'homologues ou peu de résultats d'une manière générale.

Concernant les analyses :

- Pour la recherche de domaines, il faut analyser au mieux les sorties. Si aucun élément interpro n'est déecté (pas de résultats annotés comme IPRxxxx) alors il faut faire au mieux et analyser le peu de résultats obtenus.

- Pour la recherche d'homologues, le fait que vous n'en détectiez que 4 dans RefSeq, est cohérent avec le peu de résultats obtenus avec la recherche de domaines sur interpro. Vous pouvez néanmoins faire une recherche par blast sur la banque nr (qui est plus exhaustive que RefSeq mais avec des données de qualité moindre). Si vous détectez plus d'homologues vous pouvez poursuivre l'analyse avec les résultats obtenus sur nr. Par contre certains outils de mise en forme des tableaux ne fonctionneront peut être pas car ils ont été conçus pour fonctionner avec les résultats de RefSeq.

Cordialement,

Céline Brochier