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Pas trouvé d'homologues |
Gricey
12 Nov 2025 10:47
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'espère que vous allez bien.
Je vous contacte car j'ai pas trouvé d'homologues pour mon ORF le plus long.
J'ai essayé avec toutes les bases de donnés de BlastP : swissprot, ref_seq_protein, nr, env_nr, ...
Pourriez-vous me dire comment proceder ?
Merci d'avance,
Bonne journée.
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C_Brochier_2026
12 Nov 2025 13:56
Maître de jeu |
Bonjour,
Si vous ne détectez aucun homologue malgré des recherches poussées, notamment en jouant sur les paramètres du BLAST (dimunuer la taille des mots, utiliser une matrice blosum adaptée à des séquences très divergentes, type BLOSUM45), alors c'est qu'il n'y en a pas (ou peu) et donc qu'on a un ORF de type false positive ou ORFAN. Du coup il faudra expliquer la démarche qui vous amène à cette conclusion.
Vous ne serez pas pénalisé si il n'y a pas d'homologues dans les bases de données.
Cordialement,
Céline Brochier
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