Bonjour,
Il y a quelques problèmes avec I\' arbre que nous avons fait plus tôt dans votre classe.Notre ORF a toujours été dans GEXT.A votre direction,nous avons converti GE et GEXT,et nous avons changés le nombre de niveau de classification de 5 à 4, mais l\' ORF est toujours dans GEXT.
==> Au départ, vous aviez choisi :
- GE = Clostridia
- GExterne = Negativicutes.
Et sur les arbres, la protéine étudiée émerge dans le groupe externe Negativicutes.
Cela signifie que l'hypothèse faites sur le groupe d'étude (GE = Clostridia) n'est pas bonne.
Il faut donc changer d'hypothèse concernant le groupe d'étude.
Or, si la séquence émerge dans le groupe externe, cela signifie que le groupe externe est très probablement le groupe d'étude !
C'est pour cette raison que je vous ai dit d'intervertir vos groupes !
Intervertir les groupes signifie que :
- Negativicutes devient le groupe d'étude GE,
- et Clostridia devient le groupe externe !
Donc sur vos arbres, l'ORF étudié n'est plus dans le groupe externe ! Mais dans votre groupe d'étude !
Par contre, il faut revoir la sélection de vos séquences, car il faut :
- 30 séquences pour le GE
- et 10-15 séquences pour le groupe externe.
C'est le groupe d'étude qui doit être le plus représenté, qui doit contenir le plus de séquences.
Or, vous avez conservé la même sélection de séquences.
Par conséquent, c'est votre groupe externe qui est le plus représenté, ce n'est pas cohérent.
Vous avez 43 séquences de Negativicutes dans le rapport taxonomique, il y a donc de quoi faire un groupe d'étude plus étoffé.
Nous ne savons pas comment analyser les quelques questions du paragraphe 3 sur l’origine des ORF.
3. Prédiction de l'origine taxonomique de l'ORF
-> Dans quelle groupe monophylétique semble émerger la séquence métagénomique?
-> faites une hypothèse: groupe taxonomique d'appartenance le plus probable de l'ORF?
-> Argumentez! Attention de ne pas sur/sous interpréter les arbres obtenus!...
==> Il faut commencer par revoir votre sélection de séquences.
Ensuite, sur vos arbres,
Dans quelle groupe monophylétique semble émerger la séquence métagénomique?
==> est-ce que votre séquence émerge bien dans le groupe d'étude, dans le groupe des Negativicutes ? Est-ce qu'elle est bien inclus dans ce groupe ?
==> Si c'est le cas, on peut conclure que votre ORF étudié, est une séquence qui provient d'une bactérie appartenant au groupe des Negativicutes.
==> Vous faites ainsi une hypothèse sur le groupe taxonomique d'appartenance le plus probable de l'ORF.
Indiquez également le ou les homologues le(s) plus proche(s) de votre ORF.
Bon travail,
Bénédicte WIRTH