Bonsoir, 

Je pense avoir identifié le noeud séparant mon groupe d'étude de mon groupe extérieur mais même après de nombreuses manipulations sur newick tree je ne parviens à sélectionner les séquences adéquates qui me permettent de réenraciner l'arbre à partir de ce noeud. Comment faire pour le modifier correctement dans ce cas là? 

Cordialement,

Bonjour,

Quel est le nœud que vous avez identifié ? Le noeud A ou C (selon votre annotation) ?

Je vous guiderais une fois que je suis sûre que vous avez identifié le nœud correctement.

Emese Meglecz

Bonjour, 

Le noeud C me parait celui séparant les 2 groupes, le noeud A est celui soutenant le groupe d'étude.

Rebonjour,

Je vois le problème. Le nœud C regroupe toutes les séquences de Pelagibacterales, et la séquence BPAHHH1. Pour utiliser un autre terme, c’est le noeud qui est l’ancêtre commun le plus récent des séquences mentionnées ci-dessus dans l’arbre actuel. 

Ce qu’il vous faut, c’est le nœud qui est l’ancêtre commun de toutes les Pelagibacterales, sans la séquence BPAHHH1. Je vous laisse à définir ce nœud. Ensuite, prenez une séquence de chacune des deux branches descendant de ce nœud, pour placer la racine.

Si vous avez toujours la difficulté, je peux vous guider pendant la session de zoom mercredi soir.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci beaucoup j'ai visualisé mon problème également et je pense l'avoir modifié correctement cette fois, est ce possible de me le confirmer?

Oui, c'est bon :)