Bonsoir Madame,

J'en suis à mon quatrième essais en ce qui concerne la réalisation de mon arbre.

Une fois l'arbre représenté puis enraciné je remarque 3 séquences du groupe extérieur qui sont regroupées avec les séquences du groupe d'étude. On ne semble donc pas plus avancé quant au positionnement de l'ORF. Les séquences du groupe d'étude ont été sélectionnées de sorte à représenter tous les Clade de l'Ordre des Chloroflexi tandis que les séquences du groupe extèrieur ont été sélectionnées de sorte à représenter tout les Ordres autres que Chloroflexi, les espèces ne sont donc probablement pas toutes représentées mais cela évite un trop grand nombre de séquences. Je ne sais vraiment plus quoi faire, j'ai beau élargir le groupe et minimiser le nombre de séquences utilisées pour faire mon arbre j'ai l'impression d'en être au même point. Est ce que je dois retirer les trois séquences qui ne semblent pas à leur place de leur alignement (au risque de cacher une information importante et conclure quelques chose de faux) ou est-ce-que je laisse comme cela en concluant que l'ORF ne semble pas situable sur l'arbre quelques soit les espèces utilisées? 

Dans les cas où je laisserais tel quel et où ce ne serait pas concluant, est-ce-que je laisse tout les arbres effectué jusqu'à maintenant?

Pour ce qui est de mon dernier alignement, il y a un certain nombre de gaps même si cela ne semble pas énorme et seulement 38% les positions sont conservées par rapport aux positions original, ce qui est moins important que pour mon précédent alignement.

En vous remerciant par avance.

Bonjour,

Vous avez raison, ça ne sera pas justifié d’enlever les 3 séquences mal placées, car ceci cachera une partie de l’histoire.

178 positions gardées après la curation c'est plutôt bien sachant que vous avez ajouté des séquences plus divergentes.

Comme on a discuté pendant la visio, ce n’est pas une séquence simple, mais l’essentiel ce n’est pas d’être relativement ferme, sur l’assignation taxonomique de la séquence, mais de pouvoir interpréter les résultats en évitant la surinterprétation et en suggérant des hypothèses qui peut expliquer vos observations.

Choisissez deux arbres (et les alignements qui vont avec) et expliquez pourquoi vous présentez deux et pas un seul arbre. Vous pouvez sauvegarder les autres arbres/alignements dans le bloc-notes 

Bon travail,
Emese Meglecz

Je vous remercie infiniment.

Bonne journée.

Re-bonjour Madame, 

je m'excuse de vous déranger pour une question aussi bête mais je me demandais si les annotations étaient à rendre avant ce soir minuit ou avant demain soir?

Bonne journée.

Demain (lundi) minuit :)

Merci beaucoup.

Bonne soirée.