Bonjour Madame, 

Lorsque j'édite mon arbre et que je veux l'enraciner correctement j'ai une branche qui devrait être dans mon groupe d'étude qui en est très éloignée.

Que dois je faire? 

Merci 

Bonjour,

Pourriez-vous coller l’arbre mal-enraciné dans l’Annotathon, et me dire quel est votre groupe d’étude ?

Merci,

Emese Meglecz

Bonsoir Madame, 

Désolée je pensais l'avoir déjà copier coller et le groupe d'étude j'ai pris candidatus thioglobus pour lequel la e valeur était la plus basse. ou est ce une erreur ? 

merci 

Sarah 

Dans cet arbre il n’est pas possible à regrouper toutes les séquences Thioglobus dans une seule branche sans inclure des séquences de certains autres groupes. Ce n’est pas étonnant, car les Pseudothioglobus et sulfur-oxidizing symbionts ont aussi de bonne Evaleurs.

Faites une recherche bibliographique pour voir si l’ensemble de Thioglobus + Pseudothioglobus + sulfur-oxidizing-symbionts forment un clade phylogénétique. Si c’est le cas, ceci peut être le groupe d’étude, et vous pouvez facilement séparer le groupe d’étude et groupe extérieur.

À noter également que les séquences BPG1-E-value1e-136-BPG-WP-201339764.1-D-alanine—D et BPG2-E-value3e-125-BPG-WP-090716521.1-MULTISPECIES, ne sont pas informatives dans l’arbre, car on ne sait pas de quel ordre des gammaproteobactieria elles viennent.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonsoir Madame, 

Désolée je pensais l'avoir déjà copier coller et le groupe d'étude j'ai pris candidatus thioglobus pour lequel la e valeur était la plus basse. ou est ce une erreur ? 

merci 

Sarah 

Candidatus thioglobus, n’a que quelques séquences parmi les hits et sa meilleure Evaleur est à penne plus petite que Candidatus Pseudothioglobus. Ceci présage que ces groupes ne seront pas séparés dans l’arbre. En effet, c’est cela qu’on observe.

Il faut donc élargir le groupe d’étude.

Si vous trouvez des références qui soutiennent le monophylie de groupe Thioglobus + Pseudothioglobus + sulfur-oxidizing-symbionts, vous êtes sauvée, car ce groupe peut être regroupé dans une seule branche de l’arbre. Essayez de trouver des articles sur la phylogénie des gammaprotéobactéria. 

Si vous ne trouvez pas, ou si vous trouvez l’info mais cet ensemble de groupes n’est pas monophylétique, la seule option c’est d’élargir le groupe d’étude davantage. Vu la distribution des Evaleurs, je ne suis pas sûre que ça sera une bonne solution dans votre cas.

Courage,
Emese Meglecz

Bonjour Madame, 

Je viens d'enraciner deux arbres. je pense que le deuxieme donne plus d'infos car j'ai sélectionner plus de séquences variées alors que pour le premier j'ai sélectionne parmi les séquences les plus proches. 

pourriez vous me dire sur lequel continuer de travailler? et si l'enracinement est bien fait lorsque l'on considère les 3 classes comme un seul groupe monophylétique 

Bonjour,

Oui, je suis d’accord, l’arbre2 est mieux, car le groupe extérieur contient des groupes taxonomiques plus variés et représente bine la diversité des gamma.

La racine est bien placée dans les deux arbres.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour Madame, 

Je viens d'enraciner deux arbres. je pense que le deuxieme donne plus d'infos car j'ai sélectionner plus de séquences variées alors que pour le premier j'ai sélectionne parmi les séquences les plus proches. 

pourriez vous me dire sur lequel continuer de travailler? et si l'enracinement est bien fait lorsque l'on considère les 3 classes comme un seul groupe monophylétique