Bonjour, 

Lors de mon choix des séquences homologues, j'ai constaté que j'avais énormément de sous ordres au sein de mon groupe d'étude (Rhodobacterales).

Dois-je juste prendre une trentaine de séquences ou est ce que je peux prendre 1 séquence de chaque sous ordres sachant qu'après je dois prendre des séquences dans le groupe extérieur ? 

Merci de votre réponse ! 

Bonjour,

Il faut 20-30 séquences pour l’ensemble de groupe d’étude. Donc, si c’est le Rhodobacterales, prenez des séquences pour représenter de différents sous-groupes. Sauf erreur de ma part il y a des séquences pour deux familles de cet ordre (Roseobacteraceae, Paracoccaceae). Prenez des genres différents de chaque famille.

Attention, le meilleur E-valeur de Rhodobacterales est affiché comme 0.0. Ceci peut être 1e-183 ou une valeur nettement plus petite. Dans le premier cas, le groupe d’étude Rhodobacterales n’est pas justifié. Pour être sûr, vous pouvez faire le BLASTp avec l’ORF un peu raccourci, pour augmenter des Evaleurs, et pouvoir mieux différencier les groupes (cf. https://annotathon.org/?seeThread=3679)

Bon travail,
Emese Meglecz