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Choix des groupe d'étude et groupe extérieur |
Amel
5 Oct 2023 21:31
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'ai choisi de prendre comme groupe d'étude l'ordre Candidatus Pelagibacterales (de la classe des Alphaproteobacteria) et comme groupe extérieur tous les autres ordres des Alphaproteobacteria.
Pensez-vous que la différence entre les e-valeur min de mon groupe d'étude et mon groupe extérieur est-elle suffisante ?
Il y a au minium 14 ordres de grandeur de différence si on considère que la ligne avec la classe Alphaproteobacteria seule ne fait pas partie du groupe d'étude. Sinon, il y a 43 ordre de grandeur de différence.
Extrait du rapport taxonomique (Table 4) :
| Classification |
nb species |
nb hits |
min E-value |
max E-value |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Candidatus Pelagibacterales |
45 |
447 |
3,00E-180 |
2,00E-107 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria |
5 |
74 |
2,00E-166 |
7,00E-103 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomicrobiales |
1486 |
2267 |
1,00E-137 |
3,00E-98 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales |
814 |
1050 |
2,00E-128 |
3,00E-98 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales |
382 |
537 |
1,00E-127 |
2,00E-98 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sneathiellales |
12 |
14 |
5,00E-127 |
1,00E-105 |
Merci |
Meglecz23-4CTES
6 Oct 2023 9:27
Maître de jeu |
Bonjour,
Les séquences de la ligne LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria (meilleur hit 2,00E-166) peuvent très bien venir de groupe d’étude ou de groupe extérieur. En conséquence, elles n’apportent pas d’information pour vous et vous pouvez les ignorer. Vous pouvez donc considérer qu’il y a 43 ordres de grandeur de différence.
Pareil pour la lige LUCA:Bacteria (meilleur hit 1,00E-172).
Bonne journée,
Emese Meglecz |
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