Bonjour Madame,

Vous me suggérez d'inclure plus de séquences de Pelagibacterales dans mon second arbre, toutefois comme j'avais déjà inclu toutes les séquences Pelagibacterales dont je disposais, faut-il que je recommence tout le travail depuis le début en ajoutant d'autres séquences dans mon panier, jusqu'à trouver une meilleure séquence à analyser?

En vous remerciant par avance,

Bien cordialement,

Bonjour,

Je vois que vous avez inclus 11 séquences de Pelagibacterales, dans l'arbre, et chacun correspond à un groupe taxonomique. En effet, quand vous utilisez le tax_report pour télécharger les séquences en cochant les cases, vous obtenez le meilleur hit de chaque ligne. En réalité, chaque ligne de Tax_report peut correspondre à plusieurs séquences (hits). De règle générale nous n'avons pas besoin plusieurs séquences de même taxon. Votre cas est particulier, car l'ORF se situe entre les Pelagibacterales choisis et le groupe extérieur. C'est pour cette raison, je vous ai suggéré d'ajouter plus de séquences de Pelagibacterales dans le JDD, en espérant qu'avec les séquences supplémentaires, l'ORF sera intégrée dans le groupe intérieur.

Pour accéder à des séquences supplémentaires, allez à la section "Organism report" dans la page de résultats de Tax_report. Pour chaque taxon, vous trouverez la liste des hits. Choisissez quelque séquences supplémentaires, en évitant de meilleur hit de chaque taxon, puisque sont déjà dans vote sélection.

Comme Annotathon est très lent ces dernières semaines, si vous n'arrivez pas faire cette manip supplémentaire, restez avec votre arbre actuel et faites bien attention à votre interprétation.

Bon travail,

Emese Meglecz