Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: arbre

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arbre
ivan-fay
12 May 2023 8:57
Contribution non évaluée

Bonjour,

J'ai changer le groupe d'étude et le groupe exterieur conformement aux commentaires mais je pense avoir un problème.

Mon groupe d'étude est Pelagibacterales et le groupe exterieur est tout les alphaproteo sauf pelagibacterales
J'obtiens l'arbre (voir ci-dessous).

J'ai le groupe Rickettsiales qui semble être imbriqué dans le groupe d'étude. 

J'ai un autre pelagibacterales qui "se balade seul".

Je n'ai pas l'impression qu'il s'agisse d'un mauvais enracinement car aucun des groupe (etude ou exterieur) n'est bien "rangé"
Dans taxonomie report j'ai obtenu:

 

 

Classification nb lines nb hits min E-value max E-value max Score min Score
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Pelagibacterales 5 37 3,00E-164 1,00E-83 481 263
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria 4 267 5,00E-164 1,00E-89 480 289
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales 2 15 7,00E-150 1,00E-81 444 269
LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales 211 730 3,00E-101 2,00E-82 320 271

 

Je me demande s'il est possible de séparer Rickettsiale: Est ce du au fait que le meilleur hit rickettsiales (5,00E-164) est meilleur que le pire des pelagibacterales (1,00E-83)

Dois-je continuer ou reprendre Alphaproteo comme groupe d'étude?

 

Mon arbre (NEWICK):

 

                                          +-----+ BPAEEE1-E-value1e-95-BPA-Emcibacterales-Emcibacter                                                  
                                    +-----+ 0.99                                                                                                      
                                    |     +---+ BPAS1-E-value2e-93-BPA-Sphingomonadales-HEC01521.1                                                    
                                   ++ 0.45                                                                                                            
                                   ||       +---+ BPAEEPE1-E-value3e-92-BPA-Emcibacterales-Emcibacte                                                  
                                   |+-------+ 0.99                                                                                                    
                               +---+ 0.95   +------+ BPAKKK3-E-value2e-92-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon                                               
                               |   |                                                                                                                  
                               |   +--------+ BPAEEE2-E-value6e-89-BPA-Emcibacterales-Emcibacter                                                      
                               |                                                                                                                      
                               |               +-----------+ BPAHRP1-E-value4e-92-BPA-Hyphomicrobiales-Rhodovib                                       
                               |            +--+ 0.69                                                                                                 
                               |            |  +------------+ BPAR2-E-value5e-96-BPA-Rhodospirillales-MBX6369982                                      
                               |            |                                                                                                         
                               |          +-+ 0.46       +---------+ BPASSSS1-E-value1e-93-BPA-Sneathiellales-Sneathiel                               
                               |          | |    +-------+ 0.96                                                                                       
                               |          | +----+ 0.88  +-----------+ BPASSSS2-E-value2e-88-BPA-Sneathiellales-Sneathiel                             
                               |          |      |                                                                                                    
                               |          |      +--------------+ BPASSO1-E-value6e-90-BPA-Sneathiellales-Sneathiell                                  
                               |          |                                                                                                           
                               |          |                                             +-----+ BPAP1-E-value3e-164-BPA-Pelagibacterales-HIC42004.    
                             +-+ 0.15   +-+ 0.46                                     +--+ 0.63                                                        
                             | |        | |                                      +---+ 0.82---+ OMRGCv2-11017080-Translation-168-1070-indirect-str    
                             | |        | |                                      |   |                                                                
                             | |        | |                          +-----------+ 0.89---+ BPAPP1-E-value6e-152-BPA-Pelagibacterales-Pelagiba        
                             | |        | |                          |           |                                                                    
                             | |        | |    +---------------------+ 1.00      +-----+ BPAR1-E-value7e-150-BPA-Rickettsiales-MBS56426.1-m           
                             | |        | |    |                     |                                                                                
                             | |        | +----+ 0.89                +----------------------------+ BPAPP2-E-value2e-95-BPA-Pelagibacterales-Pelagibac
                             | |        |      |                                                                                                      
                             | |      +-+ 0.47 +----------+ BPARRM1-E-value3e-101-BPA-Rhodospirillales-Rhodosp                                        
                             | |      | |                                                                                                             
                             | |      | |                             +---+ BPARPM1-E-value4e-84-BPA-Rhodobacterales-Paracocca                        
                             | |      | |                      +------+ 0.96                                                                          
                             | |      | |       +--------------+ 1.00 +-+ BPARRRR1-E-value2e-85-BPA-Rhodobacterales-Roseobac                          
                          +--+ 0.65   | |       |              |                                                                                      
                          |  | |      | |   +---+ 0.76         +-------+ BPARRT1-E-value8e-91-BPA-Rhodobacterales-Roseobact                           
                          |  | +------+ 0.98|   |                                                                                                     
                          |  |        | |   |   +--------------+ BPARP1-E-value7e-93-BPA-Rhodobacterales-Paracoccac                                   
                          |  |        | +---+ 0.80                                                                                                    
                          |  |        |     |      +-----------------------+ BPAPP3-E-value1e-83-BPA-Pelagibacterales-Pelagibac                       
                          |  |        |     +------+ 0.94                                                                                             
                          |  |        |            +-------------+ BPARR1-E-value1e-83-BPA-Rhodospirillales-Rhodospir                                 
                      +---+ 0.85      |                                                                                                               
                      |   |  |        | +----------------+ BPARRM2-E-value7e-89-BPA-Rhodospirillales-Rhodospi                                         
                      |   |  |        +-+ 0.74                                                                                                        
                      |   |  |          +-----------+ BPARTT1-E-value4e-89-BPA-Rhodospirillales-Thalasso                                              
                      |   |  |                                                                                                                        
                      |   |  +----------------------+ BPASSPP1-E-value1e-89-BPA-Sphingomonadales-Sphingo                                              
 +--------------------+ 1.00                                                                                                                          
 |                    |   |     +----------+ BPAKKK1-E-value9e-94-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon                                                       
 |                    |   +-----+ 0.98                                                                                                                
 |                    |         +---+ BPAKKK2-E-value5e-89-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon                                                              
 |                    |                                                                                                                               
=|                    |               | BPAIII1-E-value8e-87-BPA-Iodidimonadales-Iodidimon                                                            
 |                    +---------------+ 1.00                                                                                                          
 |                                    ++ BPAIII2-E-value1e-86-BPA-Iodidimonadales-Iodidimon                                                           
 |                                                                                                                                                    
 +-+ BPARRR1-E-value2e-88-BPA-Rhodothalassiales-Rhodoth                                                                                               
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 ++ BPARRR2-E-value3e-87-BPA-Rhodothalassiales-Rhodoth                                                                                                
                                                                                                                                                      
 |---------------|----------------|---------------|----------------|---------------|---------------                                                   
 0            0.25              0.5            0.75                1            1.25                                                                  
 substitutions/site                                                                                                                                   
                             
Meglecz23CTES
12 May 2023 14:47
Maître de jeu

Bonjour,


C’est une séquence intéressante. Vous avez au moins deux possibilités.


Vous pouvez garder des alphas comme groupe d’étude, mais ajouter un peu plus de séquences de Pelagibacterales (par rapport à votre annotation1), pour avoir un peu plus d’indices concernant votre hypothèse (l’ORF fait partie éventuellement des Pelagibacterales).

 

Vous pouvez redéfinir le groupe d’étude. Vous avez constaté qu’il a aussi au moins une séquence de Rickettsiales proche de l’ORF. Faites une recherche bibliographique pour voir si l’ensemble de Pelagibacterales at Rickettsiales forme un clade. Si oui, vous pouvez choisir ensemble de ces deux groupes comme groupe d’étude.


Bon travail,
Emese Meglecz

ivan-fay
13 May 2023 11:57
Contribution non évaluée

Bonjour, 

 

Merci pour votre retour. 

Dois-je tout de meme garder ces résultats afin d'expliquer la totalite de ma démarche ? 

Ou bien j'efface tout et recommence ? 

 

Ivan

Meglecz23CTES
14 May 2023 13:32
Maître de jeu

Bonjour,

 

Vous pouvez garder l’arbre de la première version. Par contre, il suffit d’avoir la dernière version de l’alignement multiple.


Bon travail,
Emese Meglecz