Bonjour,
J'ai changer le groupe d'étude et le groupe exterieur conformement aux commentaires mais je pense avoir un problème.
Mon groupe d'étude est Pelagibacterales et le groupe exterieur est tout les alphaproteo sauf pelagibacterales
J'obtiens l'arbre (voir ci-dessous).
J'ai le groupe Rickettsiales qui semble être imbriqué dans le groupe d'étude.
J'ai un autre pelagibacterales qui "se balade seul".
Je n'ai pas l'impression qu'il s'agisse d'un mauvais enracinement car aucun des groupe (etude ou exterieur) n'est bien "rangé"
Dans taxonomie report j'ai obtenu:
| Classification |
nb lines |
nb hits |
min E-value |
max E-value |
max Score |
min Score |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Pelagibacterales |
5 |
37 |
3,00E-164 |
1,00E-83 |
481 |
263 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria |
4 |
267 |
5,00E-164 |
1,00E-89 |
480 |
289 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales |
2 |
15 |
7,00E-150 |
1,00E-81 |
444 |
269 |
| LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales |
211 |
730 |
3,00E-101 |
2,00E-82 |
320 |
271 |
Je me demande s'il est possible de séparer Rickettsiale: Est ce du au fait que le meilleur hit rickettsiales (5,00E-164) est meilleur que le pire des pelagibacterales (1,00E-83)
Dois-je continuer ou reprendre Alphaproteo comme groupe d'étude?
Mon arbre (NEWICK):
+-----+ BPAEEE1-E-value1e-95-BPA-Emcibacterales-Emcibacter
+-----+ 0.99
| +---+ BPAS1-E-value2e-93-BPA-Sphingomonadales-HEC01521.1
++ 0.45
|| +---+ BPAEEPE1-E-value3e-92-BPA-Emcibacterales-Emcibacte
|+-------+ 0.99
+---+ 0.95 +------+ BPAKKK3-E-value2e-92-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon
| |
| +--------+ BPAEEE2-E-value6e-89-BPA-Emcibacterales-Emcibacter
|
| +-----------+ BPAHRP1-E-value4e-92-BPA-Hyphomicrobiales-Rhodovib
| +--+ 0.69
| | +------------+ BPAR2-E-value5e-96-BPA-Rhodospirillales-MBX6369982
| |
| +-+ 0.46 +---------+ BPASSSS1-E-value1e-93-BPA-Sneathiellales-Sneathiel
| | | +-------+ 0.96
| | +----+ 0.88 +-----------+ BPASSSS2-E-value2e-88-BPA-Sneathiellales-Sneathiel
| | |
| | +--------------+ BPASSO1-E-value6e-90-BPA-Sneathiellales-Sneathiell
| |
| | +-----+ BPAP1-E-value3e-164-BPA-Pelagibacterales-HIC42004.
+-+ 0.15 +-+ 0.46 +--+ 0.63
| | | | +---+ 0.82---+ OMRGCv2-11017080-Translation-168-1070-indirect-str
| | | | | |
| | | | +-----------+ 0.89---+ BPAPP1-E-value6e-152-BPA-Pelagibacterales-Pelagiba
| | | | | |
| | | | +---------------------+ 1.00 +-----+ BPAR1-E-value7e-150-BPA-Rickettsiales-MBS56426.1-m
| | | | | |
| | | +----+ 0.89 +----------------------------+ BPAPP2-E-value2e-95-BPA-Pelagibacterales-Pelagibac
| | | |
| | +-+ 0.47 +----------+ BPARRM1-E-value3e-101-BPA-Rhodospirillales-Rhodosp
| | | |
| | | | +---+ BPARPM1-E-value4e-84-BPA-Rhodobacterales-Paracocca
| | | | +------+ 0.96
| | | | +--------------+ 1.00 +-+ BPARRRR1-E-value2e-85-BPA-Rhodobacterales-Roseobac
+--+ 0.65 | | | |
| | | | | +---+ 0.76 +-------+ BPARRT1-E-value8e-91-BPA-Rhodobacterales-Roseobact
| | +------+ 0.98| |
| | | | | +--------------+ BPARP1-E-value7e-93-BPA-Rhodobacterales-Paracoccac
| | | +---+ 0.80
| | | | +-----------------------+ BPAPP3-E-value1e-83-BPA-Pelagibacterales-Pelagibac
| | | +------+ 0.94
| | | +-------------+ BPARR1-E-value1e-83-BPA-Rhodospirillales-Rhodospir
+---+ 0.85 |
| | | | +----------------+ BPARRM2-E-value7e-89-BPA-Rhodospirillales-Rhodospi
| | | +-+ 0.74
| | | +-----------+ BPARTT1-E-value4e-89-BPA-Rhodospirillales-Thalasso
| | |
| | +----------------------+ BPASSPP1-E-value1e-89-BPA-Sphingomonadales-Sphingo
+--------------------+ 1.00
| | | +----------+ BPAKKK1-E-value9e-94-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon
| | +-----+ 0.98
| | +---+ BPAKKK2-E-value5e-89-BPA-Kordiimonadales-Kordiimon
| |
=| | | BPAIII1-E-value8e-87-BPA-Iodidimonadales-Iodidimon
| +---------------+ 1.00
| ++ BPAIII2-E-value1e-86-BPA-Iodidimonadales-Iodidimon
|
+-+ BPARRR1-E-value2e-88-BPA-Rhodothalassiales-Rhodoth
|
++ BPARRR2-E-value3e-87-BPA-Rhodothalassiales-Rhodoth
|---------------|----------------|---------------|----------------|---------------|---------------
0 0.25 0.5 0.75 1 1.25
substitutions/site