Groupe Dyore, seq OMRGCv2_11206080 :

>J'ai également un soucis pour trouver les résidus important pour la fonction/activité de notre famille de protéines.

>En effet, d'après les fiches Swissprot et le résultat interpro il n'y a pas de corrélation avec notre alignement multiple (notation de conservation) au niveau des résidus conservés.

 

Bonjour,

 

>En effet, d'après les fiches Swissprot et le résultat interpro il n'y a pas de corrélation avec notre alignement multiple (notation de conservation) au niveau des résidus conservés.

==> c'est à vous de mettre en évidence, sur l'alignement multiple, des résidus fortement conservés entre les séq alignées, qui auraient une importance pour la fonction.

 

Pour trouver l'information sur des résidus importants pour la fonction/activité de la protéine, 3 possibilités :

 

* Le résultat graphique d'interpro vous donne, parfois, (selon les cas bien sûr !), une information sur des aa importants pour la fonction :

- Certains d'entre-vous ont pu avoir une section "active site" ou "conserved site", avec les coordonnées du motif conservé sur votre protéine ==> à rechercher sur l'alignement multiple.

- Ou alors, sous les N° IPRxxxx, sur la droite du résultat graphique donc, des informations tels que : actve site, binding site, ATP, NAD(P), etc... ==> sur la ligne correspondante, vous avez ainsi les types d'aa et leur coordonnées impliqués dans cette fonction (aa impliqués dans la liaison d'un ion, de l'ATP, ou du NAD, ...) ==> à rechercher sur l'alignement multiple.

 

*Les abstracts Interpro peuvent également parfois mentionner des aa importants pour la fonction, ou des motifs importants ==> à rechercher sur l'alignement multiple.

 

*Enfin, les fiches SP peuvent également donner une telle information :

- Ouvrez une fiche SP ==> suivre la procédure mentionnée dans le message intitulé "Symbole de gène";

- Dans la section "Function", allez voir le champ "Features" ==> vous pouvez y trouver des informations sur le site actif, des aa impliqués dans des liaisons particulière, dans des dimérisations, etc...

==> dans votre cas, vous avez plusieurs "binding site" à renseigner et à rechercher sur l'alignement multiple.

 

Bon travail,

BW