Bonjour, 

Après avoir enraciné mon arbre une deuxième fois, il se trouve que l'ORF est situé dans le noeud avec les séquences du groupe extérieur, comment expliquer ce résultat ? D'autant plus que le groupe d'étude paraît bien enraciné avec une valeur de robustesse assez élevée...

Je vous joint mon arbre pour plus de clarté (les couleurs ne se sont pas copiées avec, donc je vous ai fait en à peu près la distinction grp étude/grp extérieur), 

Merci pour votre aide, 

Groupe d'étude : Acidobacteria 

    +--------+ BAAB1-E-value8e-91-Bacteria-Acidobacteria-Acidobac                                         
   +----+ 0.93                                                                                                
  ++ 0.75------------+ BAABBP1-E-value2e-84-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                     
  ||                                                                                                          
  |+-----------+ BAAAA1-E-value4e-89-Bacteria-Acidobacteria-Acidoba                                           
  | 0.69                                                                                                      
  |        +-------+ BAABSC1-E-value6e-81-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                       
  |--------+ 1.00                                                                                             
  |        +-------+ BAABSC2-E-value2e-76-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                       
  |                                                                                                           
  |             +---+ BAAAAA1-E-value8e-75-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                      
  |           +-+ 0.21                                                                                        
  |      +----+ 0.98-------+ BAAAAO1-E-value1e-78-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                               
 ++ 0.74 |    |                                                                                               
 ||  +---+ 0.94------+ BAAAAP1-E-value2e-78-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                     
 ||  |   |                                                                                                    
 || ++ 0.13----+ BAAAAE1-E-value8e-82-Bacteria-Acidobacteria-Acidob                                           
 || ||                                                                                                        
 || |+-----------+ BDDDDD1-E-value3e-90-Bacteria-Deinococcota-Deinoco                                         
 || |                                                                                                         
 || |       +---+ BA3-E-value5e-89-Bacteria-Acidobacteria-OLD81795.1                                          
 |+-+ 0.89+-+ 0.78                                                                                            
 |  | +---+ 0.97-----+ BAACC1-E-value3e-87-Bacteria-Acidobacteria-Acidoba                                     
 |  | |   |                                                                                                   
 |  |++ 0.76--+ BA2-E-value2e-90-Bacteria-Acidobacteria-OLB88866.1                                            
 |  |||                                                                                                       
 |  +++0.86----+ BPGXRD1-E-value3e-88-Bacteria-Proteobacteria-Gamma                                           
 |   |                                                                                                        
 |   +------+ BABBP1-E-value9e-93-Bacteria-Acidobacteria-Blastoc                                              
 |                                                                                                            
 |     +------------+ BA1-E-value3e-96-Bacteria-Acidobacteria-UCF38620.1                                      
=|   +-+ 0.62                                                                                                 
 |   | +---------------------+ BAACMMM1-E-value1e-82-Bacteria-Actinobacteria-Acti                             
 |   |                                                                                                        
 |+--+ 0.90     +-----------------+ BBCCCC1-E-value4e-83-Bacteria-Bacteroidetes-Cytoph                        
 ||  |  +-------+ 0.96                                                                                        
 ||  +--+ 0.86  +-----------------+ BBCCCP1-E-value8e-80-Bacteria-Bacteroidetes-Cytoph                        
 ||     |                                                                                                     
 ||     +--------------------------------+ OMRGCv2-11030190-Translation-425-1150-direct-stran                 
 ||                                                                                                           
 ||                 +------------------+ BAVVV1-E-value3e-81-Bacteria-Acidobacteria-Vicinam                   
 ||             +---+ 0.86                                                                                    
 ||           +-+ 0.72------------+ BVOOOO1-E-value7e-82-Bacteria-Verrucomicrobia-Opit                        
 ||           | |                                                                                             
 ||           | +-------------------+ BBBBBG1-E-value3e-84-Bacteria-Balneolaeota-Balneol                      
 ||           |                                                                                               
 ||           |      +--------------+ BPPPLBB1-E-value1e-84-Bacteria-Planctomycetes-Plan                      
 ||           |    +-+ 0.61                                                                                   
 ++ 0.76+-----+ 0.97 0.83-----+ BPPPPGG1-E-value6e-86-Bacteria-Planctomycetes-Plan                            
  |     |     |  | |                                                                                          
  |     |     | ++ 0.80--------------+ BCCCCOOO1-E-value2e-76-Bacteria-Chloroflexi-Chloro                     
  |     |     | ||                                                                                            
  |     |     | |+-------------+ BTDDDD1-E-value5e-82-Bacteria-Thermodesulfobacteri                           
  |     |     | |                                                                                             
  |     |     +-+ 0.85-----------+ BBCCCF1-E-value1e-83-Bacteria-Bacteroidetes-Chitin                         
  |     |       |+-+ 0.00                                                                                     
  |+----+ 0.00  || +-----------+ BSSSSS1-E-value2e-82-Bacteria-Spirochaetes-Spiroch                           
  ||    |       ++ 0.82                                                                                       
  ||    |        |        +------+ BD1-E-value6e-81-Bacteria-Deltaproteobacteria-CAB1                         
  ||    |        +--------+ 0.98                                                                              
  ||    |                 +--------+ BTDDDDD1-E-value3e-79-Bacteria-Thermodesulfobacter                       
  ||    |                                                                                                     
  ||    |                  +------------------------------+ BBBBPCC1-E-value9e-70-Bacteria-Bacillota-Bacilli-B
  ++ 0.97  +---------------+                                                                                  
   |    +--+ 0.99          +--------------------------+ BCAAAB1-E-value5e-60-Bacteria-Chloroflexi-Anaeroli    
   |       |                                                                                                  
   |       +------------------+ BC1-E-value1e-85-Bacteria-Candidatus-Vecturithrix-                            
   |                                                                                                          
   | +------------------+ BGG1-E-value4e-75-Bacteria-Gemmatimonadetes-Gemmat                                  
   +-+ 0.01                                                                                                   
     +------------------------------+ BMPPPS1-E-value1e-79-Bacteria-Myxococcota-Polyangi                      
                                                                                                              
 |------------|-----------|------------|------------|------                                                   
 0         0.25         0.5         0.75            1                                                         
 substitutions/site                              

Bonjour,

Dans notre discussion précédente (http://annotathon.org/?seeThread=3567) je vous ai indiqué que le différentiel entre les Acidobacteria et les autres phyla bactérien est assez faible, et que ça risque d’être compliqué. L’arbre confirme cette crainte, car les différentes phyla se mélangent.

À ce stade, je vous conseille d’avancer avec cette séquence, mais d’être extrêmement prudente sur les conclusions.

Il n’y a pas moyen d’enraciner correctement votre arbre. Parmi les solutions les moins mauvaises, choisissez une où les nœuds profonds sont robustes.

Bon courage,
Emese Meglecz