Bonjour,

Je ne suis pas sûre de mon choix de groupe d'étude ("Pelagibacterales") et de groupe extérieur. Les e-valeurs 0 n'étant pas des valeurs exactes, je ne sais pas si j'ai bien fait de prendre les "Pelagibacterales" en groupe d'étude. De plus, je ne sais pas si je dois prendre 0 ou 1e-147 comme e-valeur pour le groupe extérieur.

Par ailleurs, je ne sais donc pas précisément quelles séquence je dois cocher pour faire le fichier FASTA.

Serait-il donc possible de m'éclairer SVP ?

Merci d'avance,

Bonjour,

Les E-valeurs plus petits que 1e-182 sont affichées comme 0.0. Interprétez-les donc comme des valeurs extrêmement petites. Pour calculer la différentielle entre le meilleur E-valeur de groupe d’étude et groupe extérieur. Vous pouvez faire 182-147, ceci donne une différence à minima.

Si vos choisissez les Pelabibacterales comme groupe d’étude est-ce que la ligne LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria, contient des séquences informatives pour votre analyse ? Sinon, ignorez-les, si oui, incluez-les dans les analyses.

Choix des séquences : Représentez tous les sous-groupes de groupe d’étude et le groupe extérieur. Dans chaque sous-groupe, vous pouvez choisir les meilleurs hits.

Bon travail,
Emese Meglecz