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Construction de l'arbre |
AMIRA
15 Apr 2023 0:35
Contribution non évaluée |
Bonsoir
Je suis arrivée à l'étape de construction de l'arbre apprès avoir inseré l'ORF comme vous m'avez dit.
J'ai essayé d'enraciné Mais j'obtiens un arbre où les groupes d'étude et extérieur sont mélangés.
Comment est ce que je peux faire pour enraciner l'arbre? J'attend votre retour pour pouvoir finaliser
Merci beaucoup
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Meglecz23CTES
15 Apr 2023 18:19
Maître de jeu |
Bonjour,
Je vois que vous avez réussi à mieux enraciner l’arbre après avoir posé votre question.
Il y a quand même un souci : L’ORF se retrouve entre le groupe d’étude et le groupe extérieur. Il y a moyen de placer la racine que l’ORF se trouve dans la branche de groupe d’étude, mais aussi on peut enraciner l’arbre en sort que l’ORF se trouve dans le groupe extérieur.
En examinant le plus près votre sélection des séquences, je trouve qu’il y a un biais. Vous avez sélectionné que les meilleurs hits de Flavobacteriia, et ils font tous partie de l’ordre de Flavobacteriales et la famille Flavobacteriaceae. Quand vous sélectionnez les séquences de groupe d’étude, il faut représenter la diversité du groupe dans la mesure du possible. Essayez d’inclure quelques séquences des autres familles de Flavobacteriia (Weeksellaceae, Cryomorphaceae, Crocinitomicaceae etc). Ceci va diversifier le groupe d’étude et avec un peu de chance l’ORF sera englobé dans la branche et pas à la bordure. Évidemment il y a aussi une possibilité que les groupes d’étude et extérieur se mélangent. Il faut essayer.
Autre possibilité: Quand vous utilisez l’outil Taxon list, il y a moyen de sélectionner le nombre de niveaux taxonomiques que vous voulez afficher dans le tableau taxonomique. Sélectionnez 5 (Family). Ceci va peut-être permettre de réduire le groupe d’étude.
Courage,
Emese Meglecz
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AMIRA
15 Apr 2023 23:40
Contribution non évaluée |
Bonsoir
j'ai representé la diversité du groupe d'etude(flavobacteriia) en incluant qlq sequences des autres familles de flavobacteriia coe vs m'avez demandé mais les groupes d'étude et extérieur sont mélangés dans l'arbre. Est ce que j'ai bien enraciné l'arbre?.parcontre l'ORF integre bien le groupe d'etude.En utilisant l'outil Taxon list j'ai selectionné 5 famille.
merci
Amira
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AMIRA
15 Apr 2023 23:41
Contribution non évaluée |
Bonsoir
j'ai representé la diversité du groupe d'etude(flavobacteriia) en incluant qlq sequences des autres familles de flavobacteriia coe vs m'avez demandé mais les groupes d'étude et extérieur sont mélangés dans l'arbre. Est ce que j'ai bien enraciné l'arbre?.parcontre l'ORF integre bien le groupe d'etude.En utilisant l'outil Taxon list j'ai selectionné 5 famille.
merci
Amira
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Meglecz23CTES
16 Apr 2023 11:14
Maître de jeu |
Bonjour,
La place de la racine peut être justifiée tel que vous avez fait, mais l’arbre est difficilement interprétable, car les nœuds profonds sont faiblement soutenus.
Une autre possibilité sera de placer la racine entre le nœud qui regroupe toutes les Flavobacteriia, sauf deux (BBFFVV1 et BBFFCAC1). Ceci ne sépare pas les groupes non plus, mais au moins, vous avez une branche bien soutenue. Interprétez ensuite l’arbre avec beaucoup de précautions pour éviter la surinterprétation.
Éventuellement, Vous pouvez tenter d’élargir le groupe d’étude, mais ceci nécessite pas mal de travail, et je ne suis pas sûre si ça va résoudre le problème.
Bon courage,
Emese Meglecz
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AMIRA
16 Apr 2023 20:05
Contribution non évaluée |
BONJOUR
Apres avoir essayé toute les possibilités pour enraciné l'arbre ,un arbre ou les deux groupes sont bien séparé et les noeuds sont robustes malheureuemnt j'ai pas trouvé.J'ai enfin choisi de placé la racine entre le noeud qui regroupe toutes les flavobacteruia(BBFFFC2 et BBFFFS1) sans touché les deux noeuds (BBFFVV1 et BBFFCAC1) comme vous m'avais demandé .j'obtiens un arbre ou les deux groupes sont séparés avec des branches bien souténues mais mon ORF se retrouve dans le groupe exterieur,puis-je enfin finalisé mon travail?il me reste pas assez du temps pour trouver d'autres ORF .Merci pour votre comprehension et pour vos reponses rapides malgré le weekend :))
+-----------+ BBFFFG2-E-value5e-149-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
+--------+ 0.97
| +--------+ BBFFFGG2-E-value5e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
+-----+ 0.28
| | +------------+ BBFFFR1-E-value3e-150-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +--------------------+ 0.99
| +--------------+ BBFFFRR1-E-value8e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
|
| +-------+ BBFFFH1-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +--+ 0.92
| | +-----+ BBFFFH2-E-value5e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +-+ 0.29
| | | +-+ BBFFFB1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +-------+ 0.99
| +--+ 0.64 ++ BBFFFBB1-E-value4e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | |
| | +---------------+ BBFFFA4-E-value4e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +-+ 0.19
| | | +-----+ BBFFFG1-E-value3e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | +----+ 0.95
| | | | +-----+ BBFFFGG1-E-value6e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | +--+ 0.70
| | | +-+ BBFFFM1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
+--+ 0.76 | +---------------+ 1.00
| | +---+ 0.82 ++ BBFFFM2-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | |
| | | | +--------------------+ BBFFFM3-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | +-----+ 0.94
| | | | | +----------------+ BBFFFS3-E-value3e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | +------+ 0.95
| | +----+ 0.78 | | +-+ BBFFFG3-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | +------+ 0.95
| | | | +----+ 0.91 +-------+ BBFFFG4-E-value7e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | |
| | +--+ 0.48 +------------+ BBFFFMM1-E-value4e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | | |
| | | | +---------------------+ BBFFFL1-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | |
| | ++ 0.50-------------------------+ BBFFFP1-E-value2e-142-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | ||
| | || +----------+ BBFFFF1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
+----+ 0.94 || +--------+ 0.98
| | | |+--+ 0.62 +--------+ BBFFFFF1-E-value1e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | +---+ 0.85
| | | +-----------------+ BBFFFZ1-E-value5e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | |
| | | +-------+ BBFFFS1-E-value3e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +----------------+ 1.00
| | +-----------+ BBFFFS2-E-value2e-149-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| |
| | +-------------+ BBFFFC1-E-value1e-150-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +-+ 0.15
| | +--+ 0.89-----------+ BBFFFCC1-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | |
| | | +-------+ BBFFFM4-E-value1e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | |
| | +--+ 0.73 +--+ BBFFFA2-E-value2e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | +-+ 0.73
| | | +----+ 0.97BBFFFA3-E-value5e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +------------+ 0.99 |
| | +-----+ BBFFFA1-E-value2e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| |
| +------------------+ BBFFFC2-E-value9e-143-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
|
| +--------------------------------------+ BBCCC1-E-value1e-131-Bacteria-Bacteroidetes-Cytoph
| +-------------+ 0.93
| | +-----------------------------------------+ BBCCFXC1-E-value6e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Cyto
| |
| +-----+ 0.57 +-------------+ BBCCHA2-E-value7e-133-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
=| | | +-------+ 0.24
| | +------------------------------+ 0.99 +------------------------+ BBCCHP1-E-value9e-132-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
| +----+ 0.17 |
| | | +-----------------+ BBCCHA1-E-value1e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
| +---+ 0.49
| | | +--------------------------------------------+ BBSSHH1-E-value1e-123-Bacteria-Bacteroidetes-Sapro
| | |
| | +-----------------------------------------------------+ BBCCB1-E-value1e-116-Bacteria-Bacteroidetes-Candid
| +---+ 0.69
| | | +----------------------------+ BBCCCFF1-E-value8e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Chit
| | | +----------+ 0.92
| +-----+ 0.23---------------+ 0.99 +----------------------+ BBSSSM1-E-value3e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Sphin
| | | |
| | | +--------------------------------+ BBSSSSS1-E-value1e-130-Bacteria-Bacteroidetes-Sphi
| | |
| +------+ 0.95+--------------------------------------------+ BBFFCAC1-E-value1e-133-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | |
| | | | BBBBPS1-E-value4e-131-Bacteria-Bacteroidetes-Bacte
| | | +------------------------------------------------------+
| +--------+ 0.56 +-------------+ 1.00 | BBBBPSS1-E-value1e-130-Bacteria-Bacteroidetes-Bact
| | | |
| | | +----------------------------------+ BBBBTTB1-E-value5e-138-Bacteria-Bacteroidetes-Bact
| | |
| | +------------------------------------------+ BBFFVV1-E-value4e-135-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +--------------+ 0.95
| | | +--------------------------------------+ BBFFCL1-E-value6e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | +----+ 0.00
| | | | +-----------------------------------+ BBFFWMM1-E-value1e-132-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
+----+ 0.97 +---+ 0.62
| | +-----------------------------------------------------------------------------------+ BB1-E-value1e-113-Bacteria-Bacteroidetes-WP-103327
| +------------------+ 0.94
| +----------------------------------------------+ BBFFSCC1-E-value7e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
|
+--------------------------------------------------------+ OMRGCv2-10935080-Traduction-1-960-sens-direct
|------------------------------|-----------------------------|------------------------------|-----------------------------|-----
0 0.25 0.5 0.75 1
substitutions/site
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Meglecz23CTES
16 Apr 2023 20:43
Maître de jeu |
Bonjour,
La racine actuelle n’a pas beaucoup de sens, car l’ORF se trouve entre en position basale de groupe extérieur. Vous pouvez donc le grouper l'ORF avec le groupe d’étude, ou avec le groupe extérieur avec à peu près la même certitude.
Sur base de votre arbre ci-dessus ( où la topologie est plus clairement visible que sur l'arbre dans l'annotathon), je vous conseille de faire une branche avec toutes les séquences de groupe extérieur et la séquence BBFFCAC1.
Je ne peux pas valider chacune de vos étapes. Essayer d’aller jusqu’au but des analyses.
Bon travail,
Emese Meglecz
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AMIRA
16 Apr 2023 22:24
Contribution non évaluée |
Rebonjour
les groupes separés avec des branches bien robustes.Est ce que je peux continuer pour analyse cet arbre?
+-----------------------------------------+ BBFFCL1-E-value6e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
+----+ 0.00
| +--------------------------------------+ BBFFWMM1-E-value1e-132-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
+---+ 0.62
| | +-----------------------------------------------------------------------------------------+ BB1-E-value1e-113-Bacteria-Bacteroidetes-WP-103327
| +-------------------+ 0.94
| +--------------------------------------------------+ BBFFSCC1-E-value7e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
|
| +-------------+ BBFFFG2-E-value5e-149-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +--------+ 0.97
| | +---------+ BBFFFGG2-E-value5e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| +-----+ 0.28
| | | +-------------+ BBFFFR1-E-value3e-150-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +---------------------+ 0.99
| | +---------------+ BBFFFRR1-E-value8e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| |
| | +--------+ BBFFFH1-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +---+ 0.92
| | | +------+ BBFFFH2-E-value5e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | ++ 0.29
| | || +-+ BBFFFB1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | |+--------+ 0.99
| | +---+ 0.64 +-+ BBFFFBB1-E-value4e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | |
| | | +----------------+ BBFFFA4-E-value4e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +-+ 0.19
| | | | +-----+ BBFFFG1-E-value3e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | +----+ 0.95
| | | | | +------+ BBFFFGG1-E-value6e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | +---+ 0.70
| | | | +-+ BBFFFM1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| +--+ 0.76 | +----------------+ 1.00
+---------+ 0.95 | | +--+ 0.82 ++ BBFFFM2-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | |
| | | | | | +---------------------+ BBFFFM3-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | +-----+ 0.94
| | | | | | | +-----------------+ BBFFFS3-E-value3e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | +--------+ 0.95
| | | | +-----+ 0.78 | | +-+ BBFFFG3-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | | | +------+ 0.95
| | | | | | +----+ 0.91 +-------+ BBFFFG4-E-value7e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | |
| | | | +--+ 0.48| +--------------+ BBFFFMM1-E-value4e-154-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | | | | |
| | | | | | +----------------------+ BBFFFL1-E-value7e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | |
| | | | ++ 0.50---------------------------+ BBFFFP1-E-value2e-142-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | ||
| | | | || +----------+ BBFFFF1-E-value2e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | +-----------+ 0.94 || +---------+ 0.98
| | | | | |+--+ 0.62 +--------+ BBFFFFF1-E-value1e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | | +---+ 0.85
| | | | | +------------------+ BBFFFZ1-E-value5e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
+--+ 0.56 | | | |
| | | | | | +-------+ BBFFFS1-E-value3e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | +-----------------+ 1.00
| | | | | +-----------+ BBFFFS2-E-value2e-149-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | |
| | | | | +-------------+ BBFFFC1-E-value1e-150-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | +--+ 0.15
| | +---------------+ 0.97 | +--+ 0.89------------+ BBFFFCC1-E-value2e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
| | | | | |
| | | | | +--------+ BBFFFM4-E-value1e-152-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | |
| | | | +--+ 0.73 +-+ BBFFFA2-E-value2e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | | | | +-+ 0.73
| | | | | +-----+ 0.97BBFFFA3-E-value5e-153-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | +------------+ 0.99 |
| | | | +-----+ BBFFFA1-E-value2e-155-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | | |
| | | +-------------------+ BBFFFC2-E-value9e-143-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
| | |
| | +------------------------------------------------------------+ OMRGCv2-10935080-Traduction-1-960-sens-direct
| |
| +---------------------------------------------+ BBFFVV1-E-value4e-135-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
=|
| +----------------------------------------+ BBCCC1-E-value1e-131-Bacteria-Bacteroidetes-Cytoph
| +---------------+ 0.93
| | +-------------------------------------------+ BBCCFXC1-E-value6e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Cyto
| |
| +-----+ 0.57 +--------------+ BBCCHA2-E-value7e-133-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
| | | +--------+ 0.24
| | +--------------------------------+ 0.99 +-------------------------+ BBCCHP1-E-value9e-132-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
| +----+ 0.17 |
| | | +------------------+ BBCCHA1-E-value1e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Cytop
| +----+ 0.49
| | | +-----------------------------------------------+ BBSSHH1-E-value1e-123-Bacteria-Bacteroidetes-Sapro
| | |
| | +--------------------------------------------------------+ BBCCB1-E-value1e-116-Bacteria-Bacteroidetes-Candid
| +----+ 0.69
| | | +------------------------------+ BBCCCFF1-E-value8e-129-Bacteria-Bacteroidetes-Chit
| | | +-----------+ 0.92
| +-----+ 0.23-----------------+ 0.99 +-----------------------+ BBSSSM1-E-value3e-134-Bacteria-Bacteroidetes-Sphin
| | | |
| | | +----------------------------------+ BBSSSSS1-E-value1e-130-Bacteria-Bacteroidetes-Sphi
| | |
+--+ 0.95+-----------------------------------------------+ BBFFCAC1-E-value1e-133-Bacteria-Bacteroidetes-Flav
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| | BBBBPS1-E-value4e-131-Bacteria-Bacteroidetes-Bacte
| +----------------------------------------------------------+
+--------------+ 1.00 | BBBBPSS1-E-value1e-130-Bacteria-Bacteroidetes-Bact
|
+------------------------------------+ BBBBTTB1-E-value5e-138-Bacteria-Bacteroidetes-Bact
|-------------------------|-------------------------|-------------------------|-------------------------|-----------------------
0 0.2 0.4 0.6 0.8
substitutions/site
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Meglecz23CTES
17 Apr 2023 7:57
Maître de jeu |
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