Bonjour,

Malgré les émotions, voir les sentiments, aux vues des longues heures passées ,avec des hauts et des bas, que je porte pour mon ORF, j'ai quand même trois séquences de mon groupe d'étude dans mon groupe extérieure.

Pourriez-vous me dire si la construction de mon arbre est optimale et ce qui en découle avant que je rédige la conclusion ?

Merci par avance,

Cordialement,

Bonjour,

La séparation parfaite de groupe d’étude et extérieur n’est pas toujours possible. Allez-y, vous pouvez rédiger vos conclusions

Bonjour,

Merci pour votre réponse.J'ai visionné les videos sur le transfert horizontal, duplication, les erreurs de la base de donnée.J'ai éliminé l'hypothèse d'une erreur dans la base de donnée mais je n'arrive pas a trouver la cause du positionnnement des trois sequences dans mon groupe extérieure : duplication, transfert ou juste une erreur de logiciels! Auriez un début de piste qui pourrait m'aider?car j'aimerai bien comprendre comment les distinguer.Je penche plutot tout simplement en faveur d'une erreur de logiciel  meme si un tranfert horizontal serai envisageable?

Merci par avance,

Bonjour,

Démontrer la duplication est assez compliqué.
Si vous trouvez deux types de fonctions parmi des hits, c’est une piste à creuser, car il est possible qu’après la duplication les fonctions des deux copies se soient différenciées. Ceci dit, il est aussi possible que les deux copies gardent leurs fonctions, donc la présence des deux fonctions n’est pas essentielle pour l’hypothèse de duplication. La manip à faire (si vous avez du courage) est décrite dans le vidéo.

Attention, votre tableau 3 est basé sur swissport. Comme dans Swissprot la description (« titres ») des séquences est assez détaillée, il y a peu de titres identiques et le tableau est difficilement lisible. Faites ce tableau, sur la base de Refseq_protein.

La démonstration de transfert horizontal est encore plus compliquée. Ça dépasse les limites de notre cours.

Les logiciels que vous utilisez sont assez bien testés. Si on obtient des résultats incohérents, c’est parce que leur algorithme n’est pas bien adapté aux jeux de donnée. Sur les nœuds profonds (près de la racine), les valeurs de robustesse sont assez bonnes. Que vous suggère ceci ?

Bon travail,
Emese Meglecz