Bonjour,

Au vue de mes résultats, est ce judicieux de choisir comme groupe d'étude les Blastocatellia, en supposant que la première ligne est inclue en fait dans la classe Blastocatellia puisque le e-val min est très proche (e-93 et e-96) ?

En vous remerciant par avance pour votre aide,

Bien cordialement,

Bonjour,

On n’a aucune indication que les séquences de première lige soient des Blastocatellia, donc votre choix ne me semble pas justifié. De plus. Même si on était sûrs que ces séquences soient le Blastocatellia, le différentiel de l’ordre de grandeur entre 3,00E-96 et 8,00E-91 n’est que 5. C’est assez faible.

Je vous conseille d’élargir le groupe d’étude.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,

Merci pour votre retour, 

Donc est-ce que je pourrais dire que le groupe d'étude concerne tous les Acidobacteria et le groupe exterieur, toutes Bacteria non Acidobacteria ? (et ce même si ce sont des groupes assez vastes).

Bien cordialement,

Bonsoir,

Oui, vous pouvez essayer cette solution, mais ça risque d’être compliqué, car le différentiel des E-valeurs n’est toujours pas très grand.

Bon courage,

Emese Meglecz

Bonsoir,

Alors pouvons nous regrouper plusieurs espèces ensembles pour former un groupe d'étude (comme Acidobacteria, Proteobacteria, Deinococcota, Planctomycetes) ? parce que je ne vois pas d'autre solution pour que le différentiel des e-valeurs soit assez grand entre groupe d'étude et groupe extérieur (puissance e-90 jusqu'à Planctomycetes). 

Merci pour votre aide,

Cordialement,

Bonjour,

Le groupe d'étude doit être monophylétique, c'est-à-dire qu'il regroupe une espèce ancestrale unique et tous ses descendants sans inclure d'autres espèces. Il n'est pas acceptable de regrouper arbitrairement quelques phyla en se basant uniquement sur les E-valeurs observées. Si vous trouvez des sources (par exemple des articles scientifiques) qui suggèrent que les phyla que vous essayez de regrouper forment un groupe monophylétique, vous pouvez les choisir comme groupe d'étude. Sinon, cela ne serait pas justifié.

Dans le cadre de l'Annotathon, l'idée est que les étudiants essaient différentes solutions et séquences pour explorer diverses situations. Mon rôle est de guider les étudiants, mais pas de valider chaque étape avant qu'elle ne soit effectuée. Je vous conseille de se lancer, de réaliser les manipulations et de réviser votre stratégie si nécessaire.

Bon travail,

Emese Meglecz