Bonjour,

Je reviens sur votre proposition après plusieurs analyses de séquences. Je retrouve beaucoup de séquences avec les groupes mélangés dans l'arbre.

J'aimerais essayer de rester sur cette séquence. Est ce que vous pensez que je peux continuer avec cet arbre ? J'ai essayé de séparer les groupes, est ce suffisant ?

 

 

Merci beaucoup de votre aide !

 

+---------+ BBFFFM1-E-value3e-67-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                                     
           |                                                                                                  
          ++ 0.93+-----+ BBFFFP1-E-value1e-84-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                                   
          |+-----+                                                                                            
      +---+ 0.37 +---------+ OMRGCv2-10997060                                                                 
      |   |                                                                                                   
 +----+ 0.83-------+ BBFFWCC1-E-value1e-60-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo                                       
 |    |                                                                                                       
 |    +-----------+ BBFFFF1-E-value9e-75-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                                        
 |                                                                                                            
 |                   +-----------+ BBFFWCE1-E-value2e-55-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo                         
 |            +------+ 0.84                                                                                   
 |       +----+ 0.00 +--------------+ BBFFWE1-E-value2e-52-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                      
 |       |    |                                                                                               
 |     +-+ 0.31-------------------------------------+ BBFFBB1-E-value8e-40-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob      
=|     | |                                                                                                    
 |     | +---------------------+ BBFFF1-E-value7e-51-Bacteria-Bacteroidetes-Flavoba                           
 |    ++ 0.00                                                                                                 
 |    ||   +----------------------+ BBFFII1-E-value1e-39-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                        
 |    |+---+ 0.57                                                                                             
 |    |    +-----------------+ BBFFSO1-E-value4e-49-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                             
 |    |                                                                                                       
 |    |        +-------------+ BBCCCS1-E-value6e-51-Bacteria-Bacteroidetes-Cytoph                             
 |    |   +----+ 0.85                                                                                         
 |    |  ++ 0.56-----------+ BBSSSP1-E-value1e-52-Bacteria-Bacteroidetes-Sphing                               
 +----+ 0.99                                                                                                  
      |  |+-----------------+ BBFFWW1-E-value6e-48-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                              
      |  |                                                                                                    
      |  |                        +-----------------------+ BBFFCPC1-E-value2e-38-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo
      |  |                   +----+ 0.57                                                                      
      |  |              +----+ 0.83---------------------+ BBFFPPC1-E-value2e-42-Bacteria-Bacteroidetes-Flavo  
      |  |              |    |                                                                                
      |  |          +---+ 0.39-----------------------+ BBFFCC1-E-value1e-46-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob     
      +--+ 0.73     |   |                                                                                     
         |        +-+ 0.79------------------+ BBFFVV1-E-value3e-40-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob              
         |        | |                                                                                         
         |        | +---------------------+ BBFFSS1-E-value5e-42-Bacteria-Bacteroidetes-Flavob                
         |      +-+ 0.47                                                                                      
         |      | |     +------------------+ BBBBDD1-E-value8e-47-Bacteria-Bacteroidetes-Bacter               
         |  +---+ 0.45--+ 0.83                                                                                
         |  |   |       +------------------------+ BBCCB1-E-value3e-38-Bacteria-Bacteroidetes-Candida         
         |  |   |                                                                                             
         +--+ 0.82---------------------+ BBSSSM1-E-value3e-42-Bacteria-Bacteroidetes-Sapros                   
            |                                                                                                 
            +--------------------------+ BBCCCCC1-E-value3e-47-Bacteria-Bacteroidetes-Chiti                   
                                                                                                              
 |------------|-------------|------------|------------|----                                                   
 0         0.25           0.5         0.75            1    

Bonjour,

Pour le moment la racine se trouve entre un petit groupe de Flavobacteria + l’orf (5 séquences en tout) et toutes les autres séquences.

En effet il n’y a pas moyen de séparer complètement le groupe d’étude et le groupe extérieur, mais la séparation actuelle ne me semple pas la plus logique.

Moi, je mettrais la racine entre le noeud qui a un une robustesse de 0.73 et des autres séquences. Comme cela, vous allez regrouper une majorité des Flavobactéria à un côté de la racine, et à l’autre côté, toutes les séquences de groupe extérieur + et 5 séquences de Flavobacteria.

 

Bon travail,
Emese Meglecz

 

Bonjour,

Ah oui c'est beaucoup mieux comme cela, merci !

Je me suis rendue compte que j'ai choisi seulement 6 séquences du groupe extérieur, est-ce un problème? 

J'ai essayé de séparer les sous groupes du groupe d'étude mais je n'obtiens pas des classes séparées, est ce que je peux quand même continuer ainsi ? 

(Je ne suis pas sûre d'avoir bien compris comment séparer pour colorer les sous-groupes dans le groupe d'étude). 

Et dans ce cas, peut on dire que l'orf fait probablement parti de la classe flavobacteriia et sous groupe Flavobacteriaceae  

 

Merci encore.

Cordialement

 

Bonjour,

Je me suis rendue compte que j'ai choisi seulement 6 séquences du groupe extérieur, est-ce un problème?

 

C’est acceptable, car vous avez pris une séquence de chaque classe de Bacteriodetes non-Flavobacteria. Mais pourquoi n’avez-vous pas inclus dans l‘arbre les 8 séquences que vous avez listées dans la section ‘Rapport Taxonomique’ ?

 

J'ai essayé de séparer les sous groupes du groupe d'étude mais je n'obtiens pas des classes séparées, est ce que je peux quand même continuer ainsi ?

 

Oui, mais faites attention de ne pas surinterpréter l’arbre.

(Je ne suis pas sûre d'avoir bien compris comment séparer pour colorer les sous-groupes dans le groupe d'étude).

 

Ce que vous avez colorié jusqu’ici me semble bien, mais utilisez aussi des couleurs pour les Flavobacteriia, qui sont dans la branche de groupe extérieur. Sinon, on  aura l’impression que tout va bien et les groupes d’étude et extérieur se séparent bien. Or, ce n’est pas le cas.

 

Et dans ce cas, peut on dire que l'orf fait probablement parti de la classe flavobacteriia et sous groupe Flavobacteriaceae  

 

Soyez très prudente à l’interprétation. Les groupes extérieur et étude ne se séparent pas parfaitement. Proposez d’ailleurs une hypothèse pour expliquer cette observation. (Les vidéos vous donnent des pistes.)

 

Bon travail,
Emese Meglecz

Super, Merci beaucoup pour vos réponses.

 

(Ps: je n'ai pas repris les 8 séquences car j'ai refait l'analyse mais je n'avais pas changé dans annothathon)