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Alphaproteobacteria sous classes |
retenodus
9 Mar 2023 6:58
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Dans ma Taxonomy synthesis table, j'ai un e-value à 0 pour LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Pelagibacterales et pour LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rickettsiales
Sur les autres alphaproteobacteria je suis entre 2e-104 et 2e-126.
J'ai donc plusieurs questions:
> quelle est la précision maximale de e-value ? Quelque chose me dit intuitivement que ce serait autour de e-140 ?
> certaines études (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3859672/) regroupent Pelagibacterales et Rickettsiales au sein d'une sous classe Rickettsidae, dont le groupe frère serait caulobacteridae (comprenant presque toutes les autres Alphaproteobacteria)
Que devrais je faire ? Plutot considérer alphaproteobacteria comme le groupe d'étude et le groupe beta/gamma comme groupe frère ? Ou Rickettsidae comme groupe détude et caulobacteridae comme groupe frère même si ce n'est pas dans la FAQ ?
Merci,
Bonne journée,
Grégoire
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Meglecz23CTES
9 Mar 2023 9:24
Maître de jeu |
Bonjour,
> quelle est la précision maximale de e-value ? Quelque chose me dit intuitivement que ce serait autour de e-140 ?
En dessous de 1e-182, NCBI BLAST affiche 0.0
> certaines études (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3859672/) regroupent Pelagibacterales et Rickettsiales au sein d'une sous-classe Rickettsidae, dont le groupe frère serait caulobacteridae (comprenant presque toutes les autres Alphaproteobacteria)
Super !
>Que devrais je faire ? Plutot considérer alphaproteobacteria comme le groupe d'étude et le groupe beta/gamma comme groupe frère ? Ou Rickettsidae comme groupe détude et caulobacteridae comme groupe frère même si ce n'est pas dans la FAQ ?
Vous pouvez tenter les deux, mais à priori, Rickettsidae comme groupe d’étude me semble plus simple. Il est plus simple à travailler avec un groupe d’étude plus petit, et la distribution des E-valeurs soutient bien ce groupe.
Bon travail,
Emese Meglecz
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retenodus
11 Mar 2023 22:12
Contribution non évaluée |
Bonjour,
En continuant les vidéos, je ne suis pas sûr de comprendre: dans votre examples, Pelagibacteraceae bacterium est considéré comme une riccketsiale, alors qu'il s'agirait plutot de pelagibacterales si j'en crois le nom et https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=1986813&lvl=4&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock
De mon côté, taxreport me met beaucoup de Pelagibacteraceae dans les pelagibacterales, pourquoi cette différence ?
Merci,
Bonne journée,
Grégoire
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Meglecz23CTES
12 Mar 2023 10:38
Maître de jeu |
Bonjour,
Il faut faire la différence entre taxonomie et phylogénie.
La taxonomie, un système hiérarchique avec un nombre des niveaux (rang) limité. On ne connait pas la relation précise entre des taxa de même rang. Par exemple, la taxonomie ne nous dit pas quels sont les ordres des alphaprotéobactérie, qui sont plus proches entre eux et quels sont les ordres plus éloignés. Pelagibacterales, Rickettsiales, Hyphomicrobiales, Rhodospirillales, Rhodobacterales, … sont tous les ordres des alphaprotéobactéries, mais on ne connait pas la relation entre eux.
La phylogénie peut nous renseigner (en théorie) sur la relation de parenté entre n’importe quels deux groupes. Selon l’article que vous avez trouvé, les Pelagibacterales et Rickettsiales sont deux ordres qui sont les proches parents et forment le groupe Rickettsidae. On pourrait donner un nom à chaque nœud de l’arbre. Certains nœuds (groupes) et leurs noms sont relativement bien acceptés et utilisés en phylogénie, mais ils n’ont pas leurs correspondances en taxonomie. Par exemple, si vous cherchez Rickettsidae dans https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy, vous ne le trouverez pas.
C’est la raison que tous les Pelagibacteraceae sont classés comme Alphaproteobacteria, Pelagibacterales, sans mentionner le nom Rickettsidae.
Je ne sais pas si j’ai répondu à votre question, sinon, dites-moi de quel de mes vidéos vous parlez pour que je puisse adapter ma réponse.
Bon travail,
Emese Meglecz
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retenodus
12 Mar 2023 18:45
Contribution non évaluée |
Bonjour,
La vidéo en question est "construction de l'arbre phylogénétique", et je pense avoir compris ce qui me gênait.
Si j'ai bien compris, lorsque SAR11 a été replacé en tant qu'ordre au lieu de famille de rickettsiales, il a été renommé en pelagibacterales. Je ne comprenais pas pourquoi les alignements de votre vidéo montrait les pelagibactérales dans les rickettsiales (ex: dans la vidéo, 6:14 avant la fin), mais je pense que c'est à cause de cette reclassification ultérieure.
Y a-t-il d'autres familles que Pelagibacteraceae au sein de Pelagibacterales ? Ou dois je considérer que toutes les Pelagibacterales que je trouve sont des Pelagibacteraceae ?
Merci,
Bonne journée,
Grégoire
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Meglecz23CTES
13 Mar 2023 9:01
Maître de jeu |
Bonjour,
En effet, la phylogénie des bactéries n’est pas encore solidement établie. Comme la taxonomie essaye de suivre la phylogénie, un peut observer de remaniement des groupes. C’est fort perturbant.
Selon NCBI taxonomie, la seule famille correctement décrite des Pelagicaterales est la Pelagibacteraceae. À part cette famille, il y a des groupes Oligobacter sp. SKA48, Pelagibacterales incertae sedis, unclassified Pelagibacterales, environmental samples et on voit de ces noms que ce sont les groupes provisoires dont on n’a pas suffisamment d’informations.
Bon travail,
Emese Meglecz
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