Lorsque vous souhaitez explorer rapidement comment un jeu de séquences donné se comporte en phylogénie, vous pouvez utiliser la [url=http://www.phylogeny.fr/]version 2 du site Phylogénie.fr[/url]:

- choisissez "A la Carte" en bas de la page Phylogénie.fr
- cochez les calculs à effectuer, par exemple MUSCLE->GBLOCKS->PhyML->TREEDYN, laissez "[b]all at once[/b]" coché!
- cliquez "[b]Create Workflow[/b]"
- collez vos séquences au format FASTA ([b]sans rien changer à leur nom BLAST standard cryptique[/b] ex gi|157737118|ref|YP_001489801.1|etc.)
- cliquez "submit" tout en bas
- sous l'image graphique de l'arbre obtenu, en face de "[b]Use Genbank information to automatically rename leaves by[/b]" cochez: "species only" et "colorize", puis cliquez sur le bouton devant "[b]Use Genbank information to automatically rename leaves by[/b]"
- [color=red]ceci renome vos feuilles d'arbre, et annote les branches par groupes taxonomiques!!![/color]
- vous pouvez aussi re-raciner l'arbre en cliquant sur le bouton devant "Reroot (outgroup)", puis en cliquant dans l'image sur la séquence représentnat le groupe extérieur (ceci est très pratique pour les arbres non-racinés pour les présenter les groupes aussi clairement séparés que possible)
- à tout moment vous pouvez exporter l'arbre visible dans l'image en "arbre textuel" (c'est à dire en format copié-collable dans l'Annotathon) en cliquant sur "Text" juste sous l'image après "[b]==> Download the tree[/b]"
Ceci est une méthode surtout exploratoire; si d'aventure vous souhaitez intégrer cet arbre dans l'Annotathon, il faudra aussi fournir l'alignement multiple sous-jascent avec les même étiquettes que les feuilles de l'arbre, ce qui actuellement nécéssite de cliquer sur l'onglet "3. Alignment", puis sur "Alignment in Clustal format", puis de renommer les séquences comme l'arbre (par exemple avec une fonction "rechercher/remplacer" d'un éditeur de texte).

Bon week end,
PH

D'accord merci!

Nous avons d'ailleurs une question pour les alignements.
Nous avons effectué plusieurs arbres avec plus ou moins d'homologues et des méthodes d'alignements différentes. Devons nous mettre chaque résultat d'alignement, ou celui qui sert à construire le premier arbre suffit?

Ne mettez AUCUN résultat intermédiaire, à moins qu'un de ceux-ci soit crucial pour la suite (argument en faveur de vos choix, preuve qu'une piste est sans issue etc.). En tout état de cause, il ne doit JAMAIS y avoir de résultat présenté qui ne soit spécifiquement analysé dans la partie "ANALYSE DES RÉSULTATS".

Ok je vois. Merci!