teamide
4 Dec 2008 22:19
Contribution non évaluée |
Bonjour,
nous avons une séquence qui coderait apparemment pour une topoisomérase 2 (assez conservée dans le vivant) avec des homologues dans de nombreux phylums.
Nous n'avons par conséquent pas de groupe extérieur ( à moins de prendre LUCA lui même^^), et lors de la construction de l'arbre notre séquence ressort toute seule, et l'ordre des taxons n'est pas très représentatif de la réalité. Voici les 2 arbres contruits:
+-A_C_Pelagibacter_sp_
+-3
! +-A_C_Pelagibacter_ubique
!
! +---------B_Burkholderia_vietnamiensis_G
! +-------------1
! ! +---------B_Acidovorax_sp__JS42
! !
4-------8 +-DT_Thermus_aquaticus_Y51MC23
! ! +----------2
! ! ! +DT_Thermus_thermophilus_HB8
! ! !
! +-12 +-------------My_Mycoplasma_hyopneumoniae_J
! ! +-11
! ! ! +---------My_Candidatus
! ! !
! +-16 +----------Fuso_ATCC_25586
! ! !
! ! ! +----------GNS_Roseiflexus_sp__RS-1
! ! ! +-13
! +-17 ! +--------Spiro_str_56601
! ! !
! ! ! +----Euca_M_acetivorans_C2A
! ! ! +--9
! +-18 ! +----Euca_M_burtonii_DSM_6242
! ! !
! ! ! +--Cy_Synechococcus_sp__WH_7805
! ! ! +--6
! ! ! +----7 +--cerco_Paulinella_chromatophora
! +-20 ! !
! ! ! +----Cy_Lyngbya_sp__PCC_8106
! ! +-19
! ! ! ! +------Fir_C_botulinum_A_str__ATCC_35
! ! ! ! +-14
! ! ! +-15 +------Fir_Heliobacillus_mobilis
! ! ! !
! +-21 +-------Fir_Exiguobacterium_sp__AT1b
! !
! ! +GS_Chlorobaculum_parvum_NCIB_8
! ! +-------5
! +-10 +GS_Chlorobium_tepidum_TLS
! !
! +--------CFB_ATCC_33406
!
+--GOS_712030
---------------------------------------------------------------------------------------------------
b)
+----------My_Candidatus
+-19
| +-------------My_Mycoplasma_hyopneumoniae_J
|
| +DT_Thermus_thermophilus_HB8
+-14 +----------20
| | | +-DT_Thermus_aquaticus_Y51MC23
| | |
| | | +----------Fuso_ATCC_25586
| +-13 |
| | | +--------Spiro_str_56601
| | | +-21
| | | | +----------GNS_Roseiflexus_sp__RS-1
| +-12 |
| | | +----Euca_M_burtonii_DSM_6242
| | | +--3
| | | | +----Euca_M_acetivorans_C2A
| | | |
| +-11 +--2 +-------Fir_Exiguobacterium_sp__AT1b
| | | | +--5
| | | | | | +------Fir_Heliobacillus_mobilis
+-------15 | | | | +--6
| | | | +--4 +------Fir_C_botulinum_A_str__ATCC_35
| | | | |
| | | | | +----Cy_Lyngbya_sp__PCC_8106
| | +--1 +----7
| | | | +--cerco_Paulinella_chromatophora
| | | +--8
| | | +--Cy_Synechococcus_sp__WH_7805
| | |
| | | +-------CFB_ATCC_33406
| | +--9
| | | +GS_Chlorobium_tepidum_TLS
| | +------10
| | +GS_Chlorobaculum_parvum_NCIB_8
| |
| | +---------B_Acidovorax_sp__JS42
| +------------16
| +---------B_Burkholderia_vietnamiensis_G
|
| +-A_C_Pelagibacter_ubique
17-18
| +-A_C_Pelagibacter_sp_
|
+--GOS_712030
Nous ne savons pas comment interpréter ces arbres.
Merci beaucoup |
Brochier_BC08
5 Dec 2008 13:14
Maître de jeu |
Bonjour,
Deux conseils:
1) Annotez vos arbres avant de chercher à les interpréter (ou de poser une question sur le forum)
2) Quand vous faites une phylogénie non racinée, essayez de positionner l'arbre de telle sorte que vous sépariez les trois domaines du vivant (au moins archaea et bacteria), donc positionnez votre arbre de telle sorte que les archaea (deux euryarchaeota) soient bien séparées des bactéries.
En suivant ces deux conseils, vous verrez que votre arbre est parfaitement interprétable
Cordialement,
Céline Brochier
PS Au regard de votre arbre, il y a un problème dans la sélection des séquences représentatives de la diversité des groupes. Vous avez 2 Thermus qui sont très proches, deux candidatus pelagibacter comme représentants des alpha, deux GS très proches aussi et deux archaea appartenant aux méthanosarcinales (et ne sont donc pas représentatives de la diversité des euryarchaeota dans leur globalité)
PPS Discutez l'origine de la séquence eucaryotes qui branche à côté des cyanobacteria |