Bonjour,

J’aurai quelques questions concernant la construction de l’arbre phylogénétique.

Déjà, est-ce qu’il existe des critères particuliers quant au choix des séquences pour effectuer l’alignement multiple ?

N’ayant que 4 séquences pour mon groupe d’étude (SAR86), j’ai sélectionné une séquence pour chaque ordre des Gammaproteobacteria non-SAR86.

Par ailleurs, dans ma conclusion j’ai précisé que mon ORF devait certainement faire partie des SAR86 non-SAR86A-SAR86B-SAR86 BACL1. Est-il légitime de conclure de cette manière ? Où bien dois-je seulement supposer que l’ORF fait partie de l’ordre SAR86 cluster de manière générale (étant donné que l’on manque certainement d’informations, exemple : l’ORF n’est pas complet) ?

Bonjour à Emilie,

Déjà, est-ce qu’il existe des critères particuliers quant au choix des séquences pour effectuer l’alignement multiple ?

Il faut représenter de différents sous-groupes de groupe d’étude et de groupe extérieur, et de préférence, choisissez les séquences avec les meilleurs Evaluers pour chaque sous-groupe.
N’ayant que 4 séquences pour mon groupe d’étude (SAR86),
Vous avez 4 lignes correspondant au groupe SAR86 dans le rapport taxonomique, mais la première ligne représente 23 hits (séquences). Éventuellement, vous pouvez ajouter 2-3 séquences supplémentaires de cette lignée.
SAR86 cluster bacterium........................ 731  0.0    23 hits   LUCA:Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:SAR86 cluster: excinuclease ABC subunit UvrA

j’ai sélectionné une séquence pour chaque ordre des Gammaproteobacteria non-SAR86.
TB.

Par ailleurs, dans ma conclusion j’ai précisé que mon ORF devait certainement faire partie des SAR86 non-SAR86A-SAR86B-SAR86 BACL1.
Il est difficile à vraiment affirmer quelque chose sur base des analyses bio-informatique. Restez plutôt prudente dans vos formulations.

Bon travail,
Emese Meglecz

Oui effetivement je me suis mélangée dans les termes, j'ai bien inclus les 4 lignes de SAR86 dans l'alignement multiple.

D'accord je vais alors reformuler ma conclusion.

Merci beaucoup !

Bonne soirée et bon week-end