Bonjour Mme Meglecz,

Le choix de mon groupe d'étude est celui de l'ordre des Flavobacteriales.

D'après "Taxlist", ils appartiennent à la classe des Flavobacteriia qui elle-même appartient au phyllum des Bacteroidetes (LUCA:Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales).

Ce qui me pose problème c'est que dans l'abre de l'annotathon : http://annotathon.org/Metagenes/index.php/File:TreeOfLife.png

Les Bacteroidetes et les Flavobacteriia sont frères. Du coup je suis un peu perdue pour choisir mon groupe extérieur.

Je souhaitais me tourner vers les Cytophagia, qui est un groupe frère des Flaobacteriia mais d'après Taxlist, il fait parti des Bacteroidetes (LUCA:Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia) alors que sur l'arbre ce sont aussi des groupes frères.

Est-ce que je peux prendre les Cytophagia comme groupe extérieur ou mieux vaut complètement sortir des Bacteroidetes et prendre par exemple les Protobacteria ?

J'espère que c'est assez clair.

Merci par avance de votre aide.

Bonjour Aurélie,

La phylogénie et la taxonomie ne sont pas nécessairement constantes. En fonction des nouvelles études, elles peuvent être modifiées. C’est la raison de désaccord entre la taxonomie que vous voyez et l’arbre phylogénique.

Vous pouvez choisir de vous baser sur l’une ou l’autre, mais expliquez brièvement cette incohérence et dites sur quel système vous êtes basée. La meilleure option sera de faire une rapide recherche bibliographique pour pouvoir faire votre choix.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour le retour.

Etant donné que mon groupe d'étude est comprend beaucoup de HITS (~3000), est-ce que je dois me limiter à 30 séquences pour l'alignement ou est-ce que je peux en prendre un peu plus pour plus de diversité ?

Merci pour le retour.

Etant donné que mon groupe d'étude est comprend beaucoup de HITS (~3000), est-ce que je dois me limiter à 30 séquences pour l'alignement ou est-ce que je peux en prendre un peu plus pour plus de diversité ?

30 est largement suffisant.