Bonjour, 

Selon les résultats des rapports taxonomiques obtenus j'aurai tendance à choisir comme groupe d'étude "Gammaproteobacteria, SAR86 cluster" pour une e-value<E-180, et ainsi les Gammaproteobacteria non SAR86 cluster comme groupe exterieur. Or, après quelques recherches sur la phylogénie du phylum il apparaît dans les "Gammaproteobacteries non classifiées". Je me demandais s'il ne serait pas plus judicieux d'élargir mon groupe d'étude aux Gammaproteobacteria, et donc de choisir comme groupe exterieur les Betaproteobacteria ?

Bonjour Emilie,

Pourquoi pensez-vous qu’il sera judicieux d’élargir le groupe d’étude au gamma ? Si le cluster SAR86 est bien un groupe monophylétique (ce que laisse penser la taxonomie), vous pouvez les choisir comme groupe d’étude. Si les séquences de SAR86 se mélangent avec les autres gammas, alors vous pouvez élargir le groupe, mais à priori je commencerais par les SAR86.

Bon travail,
Emese Meglecz

Je pensais qu'il était préférable de travailler avec un groupe d'étude recueillant suffisamment d'information, car il est rare d'en trouver pour ce cluster... Si celà ne pose pas particulièrement de problème pour la suite je vais alors poursuivre l'annotation de ma séquence à partir de ce groupe.

Merci pour votre réponse, bonne soirée :)