Bonjour,

J'ai un souci pour enraciner l'arbre.

Je pensais que j'avais trop de sequences dans l'arbre ce qui m'empechait de trouver les sequences à séléctionner pour bien l'enraciner.

J'ai fait un 2eme arbre avec moins de sequences mais je n'arrive pas non plus à l'enraciner.

(J'ai ce souci sur différentes séquences que j'ai analysé : OMRGCv2_10415030.17 / OMRGCv2_10415110.16)

Comment choisir les séquences d'enracinements? j'ai suivi vos conseils donnés à d'autres sur le forum, j'ai à nouveau regarder les vidéos mais je n'y arrive pas.

Est-ce que le problème vient du choix des sequences d'enracinement?

Si on ne peut pas enraciner l'arbre, est-ce que cela signifie que l'analyse de séquence ne peut pas aboutir? ou bien est-ce parce qu'une des étape n'a pas été faite correctement?

Pouvez-vous m'éclairer?

Merci

Bonjour Marine,

Séquences OMRGCv2_10415280 et OMRGCv2_10415110 :
Vous avez mal choisi le groupe extérieur. Regardez dans l’arbre de vie donné dans la FAQ, quel est le groupe frère des alphaproteobacteria. (http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes )

Commencez par choisir que des séquences de groupe d’étude correctement défini. 20-(30) séquences de groupe d’étude et 5-10 de groupe extérieur seront suffisantes.

Il est peut-être possible de restreindre le groupe d’étude davantage. Pour le faire, vous pouvez afficher des lignées jusqu’aux familles (ou encore plus bas) dans l’outil ‘Taxonomy list’, en cochant le niveau taxonomique souhaité en dessous le bouton ‘Taxa table’

Séquence 10415030 :
Il y a un problème de choix de groupe d’étude. Vous avez plusieurs phyla avec les meilleurs Evaleur affichées comme 0.0. En réalité les Evaleurs ne sont pas 0, mais en dessous de 1e-182, NCBI affiche 0.0. Vous pouvez essayer de faire le BLAST avec la moitié de l’ORF. Ceci rendra les alignements plus courts et augmentera des Evaleurs. Avec un peu de chance, les meilleurs Evaleurs des différents groupes vont se différencier.

Si vous avez un arbre où les groupes d’études et extérieurs sont mélangés et vous êtes sure de vos choix des séquences, l’alignement est convenable, vous avez plus de 100 positions retenues par Gbloc, les valeurs de robustesse dans l’arbre sont convenables… tentez d’expliquer le mélange entre des groupes d’étude et extérieur. Les vidéos 'Détection des erreurs possibles dans les bases de données' et 'Transfert horizontal' peuvent vous aider.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

J'ai pu retravailler ma séquence OMRGCv2_10415030.
 

Dans l'arbre il y a des noeuds très peu robuste (mais je pense pouvoir poser des hypothèses).

Il me semble que l'enracinement ne peut pas être plus interessant que cela, et que j'ai enfin pu définir le groupe d'étude et extérieur.

Est-ce qu'on doit expliquer les choix de séquences que l'on fait à l'étape TaxReport pour construire l'arbre ?

Merci,

Marine

Bonjour Marine,

En effet, on ne peut pas placer la racine dans l’arbre pour mieux séparer les groupes. Le problème c’est que les groupes d’étude et extérieur sont très fortement mélangés. Je ne suis pas sûre si on peut tirer des conclusions de cet arbre.

Est-ce qu'on doit expliquer les choix de séquences que l'on fait à l'étape TaxReport pour construire l'arbre ?

Non, ce n’est pas nécessaire.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonjour Mme Meglecz,

Merci, j'ai étudié encore une autre séquence OMRGCv2_10415390.

Pour le coup je pense que mon groupe extérieur est trop petit, et dès que j'ajoute des séquences je n'arrive plus à l'enraciner correctement.

Les zétaproteobactéries deviennent le groupe extérieur alors qu'il me semble qu'elles forment un groupe monophylétique avec les delta et les epsilon.

Est-il possible de mieux l'enraciner?

ou bien est-il possible de finir l'analyse avec un si petit groupe extérieur?

Merci,

Marine

Bonjour Marine,

Votre premier arbre est bien enraciné.

Par contre vous pouvez enraciner correctement le deuxième pour obtenir les mêmes séquences des alpha, un gamma, et votre ORF dans une branche (comme dans l’arbre précédent), et les autres séquences dans l’autre côté de la racine.

Apparemment vous avez choisi les Alpha comme groupe d’étude, et vous tentez de faire tous les proteo non-alpha comme groupe extérieur. C’est une possibilité, mais vous pouvez aussi restreindre le groupe extérieur davantage. Regardez l’arbre du vivant pour trouver la solution :

http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes

Cette séquence sera la bonne