Bonjour,
comme vous me l'avez suggéré dans le zoom je cherche des informations concernant l'origine entre les ricketsia et les pelagibacter.
Après quelques recherches je suis tombée sur cet arbre :
https://www.primidi.com/rickettsiaceae/genomics
Ainsi les pelagibacter et les rickettsia feraient tous les 2 parties des rickettsiales.
La séquence que j'ai pris est annotée comme rickettsiales, pensez vous qu'il s'agisse donc d'une séquence dont l'origine ne soit pas précisée et que je dois donc ignorer ( comme lorsque j'ignore les séquences uniquement qualifiées d'alphaprotéobactéries), ce qui serait à l'origine du "problème" dans mon arbre ?
Selon d'autres sources (https://www.researchgate.net/figure/Ca-Pelagibacter-ubique-is-placed-with-free-living-Alphaproteobacteria-in-a-phylogenetic_fig10_51659232 et https://fr.wikipedia.org/wiki/Pelagibacterales?msclkid=58a7d31abb5811eca58f07e4afb7bdc3) il est indiqué que les pelagibacter étaient à l'origine inclus dans les rickettsiales mais qu'ils constituent maintenant un ordre et sont placés parmi les freeliving alphaproteobacterie. Cela expliquerait la proximité des séquences et le fait qu'elles se mélangent dans l'arbre.
Ces 2 scénarios m'amênent à des conclusions bien différentes, je ne sais pas trop quoi penser...
Merci d'avance pour votre aide.
Maë.
Je pense pouvoir conclure que les 2 sont des groupes frêres et que donc je ne peux pas clairement dire si mon ORF appartient à l'un ou l'autre étant donné qu'ils sont très proches.
Sur plusieurs sites (notament https://ipfs.fleek.co/ipfs/QmXoypizjW3WknFiJnKLwHCnL72vedxjQkDDP1mXWo6uco/wiki/Rickettsiales.html?msclkid=aa2a4af5bcc011eca16040ee18847a07) je trouve que l'ensemble des Rickettsiales et des pelagibacteriales forme les rickettsidae, je souhaitais donc utiliser ce sous-groupe dans la partie taxonomy de l'annalyse. Cependant je ne trouve pas de résultats correspondant sur NCBI, NCBI me propose les rickettsiaea mais ce n'est pas bon puisqu'il s'agit d'un rickettsiale.
Dois je seulement mettre alpha-protéobactérie ? ca me semble étonnant vu que le noeud séparant mon groupe d'étude du reste des alphaprotéobactérie est quand meme bien soutenu
Merci de votre aide.
Bonjour Maé,
Vous avez fait une très bonne recherche, et vous avez compris que la situation n’est pas nécessairement simple. Je vous laisse à essayer de résumer vos recherches dans vos analyses. Le but, ce n’est pas nécessairement de trancher pour un groupe où l’autre, mais de pouvoir analyser vos sources.
En ce qui concerne le choix de groupe pour remplir la case taxonomie d’Annotathon, choisissez un groupe qui est assez proche à votre conclusion et utilisez les sections analyses phylogénétiques ou les conclusions pour préciser votre vrai choix.
Bon travail,
Emese Meglecz