Bonjour Professeure, 

pardonnez moi de vous déranger. 

J'ai un souci au niveau des alignements multiples et de l'arbre. Après utilisation de phylogeny, le pourcentage d'identité de mes alignements est très faible, envrion 20%. Est ce problématique? Y a t'il homologie quand même ? Est ce que je dois changer de groupe d'études ou extérieur ? 

Merci par avance 

Cordialement 

Anna 

Bonjour,

Si vous avez au moins une centaine (de préférence plus) de positions retenues par Gblock, vous pouvez tenter de construire l’arbre.

Le pourcentage de positions retenues est relativement peu important. Dans votre cas le pourcentage de positions retenues est assez faible, car l’ORF est incomplet. Même si les séquences s’alignent bien après la fin de l’ORF (après le morceau de l'ORF que vous avez), les positions ne sont pas marquées comme conservées, car il y a une séquence (l’ORF) a des 'gaps'.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour votre réponse. 

J'en ai 133 sur 709 soit 18% conservées. Je vais tenter de construire l'arbre 

Merci beaucoup 

OK. Très bien!