Bonjour,

Pour définir le groupe d'étude et le groupe extérieur de cette séquence j'ai de nombreuses e-valeurs à 0.

Je me demande si je dois faire des BLAST avec seulement des morceaux de séquence afin d'avoir un alignement moins long et ainsi augmenter l'e-valeur comme vous l'expliquiez dans le zoom.

Ou, étant donné que la plupart des hits sont des gamma-protéobactéries ou des beta-protéobactéries et que ces 2 groupes ont des e-valeurs bien distinctes, est ce que je peux prendre les gamma comme groupe d'étude et les béta comme groupe extérieur ?

D'avance merci,

Maë.

Bonjour Maé,

Vu que différents phyla bactériens ont des E-valeurs 0 (et même les Archaea), il faudra faire le blast avec l’ORF raccourci.

Bon travail,

Emese Meglecz

Je viens d'effectuer ce BLAST avec l'ORF raccourci, les e-valeurs des Bacteroidetes et des Protéobactéries se chevauchent... Cela veut il dire que je devrais considérer comme groupe d'étude les bactéries et comme groupe extérieur ce qui n'est pas bactérie ? J'ai ici certains alignements avec des Archae ou des Eukaryota. Mais les e-valeurs se chevauchent aussi avec les Archaes...

J'ai essayé de refaire un BLAST avec l'ORF un peu moins raccourci mais je retrouve alors plusieurs e-valeurs de 0.

Merci pour votre aide

Rebonjour Maé,

Si les Evaleursdles Archaea et des Bactéries sont proches, c’est encore une séquence ou il n’est pas possible à déterminer le groupe d’étude :(