Bonjour, 

Je me permets de vous envoyer cette question concernant mon arbre. En effet j'ai une séquence de proteobacterie alphaproteobaceterie Pelagibacterales dans mon groupe extérieur. J'ai fait les meme manipulations que vous et j'ai trouvé que cette séquence était inféféré sur une autre séquence dont on sait juste que c'est une alphaproteobacterie mais ce n'est pas précisé si c'est une Pelagibacterales ou non. Cette justification est elle suffisante pour dire que finalement on ne sait pas si cette séquence est une Pelagibacterales ou non et que si elle est à l'exterieur de l'arbre c'est que probablement ce n'en n'est pas une? 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2518606

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/WP_017971384.1?report=genpept

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

Bonne nouvelle : Les groups d’étude et extérieur peuvent être séparés sans problème dans votre arbre. La racine n’est pas placée correctement en ce moment.
Identifiez le nœud qui représente le dernier ancêtre commun de toutes les séquences de groupe extérieur, et placez la racine entre ce nœud et le reste de l’arbre.
Ce vidéo peut vous aider :
https://ametice.univ-amu.fr/pluginfile.php/4746441/mod_resource/content/1/Enracinement_et_interpretation_de_l_arbre.mp4

Pour répondre quand même à votre question : si on a un doute sur la provenance d’une séquence mal placée, oui, c’est assez pour expliquer l’incohérence.

Bon travail,
Emese Meglecz