Bonjour, 

Je suis bloquee avec mes resultats pour trouver le groupe exterieur pour l'etude. L'e-valeur etait de 0 pour toutes les sequences avec Ref-SeqProtein j'ai donc utilise les donnees de Swissprot pour pouvoir avoir un taxonomy report un peu plus informatifs. Mais je reste tout de meme bloquee car les e-valeur sont tres basses pour toutes mes sequences ce qui m'empeche de faire un choix. 

Ici, je choisirais la classe Gammaproteobacterie comme groupe d'etude mais ensuite je n'ai pas suffisamment de sequences pour pouvoir avoir un groupe exeterieur suffisamment grand et ayant une difference d'ordre de grandeur en e-valeur suffisamment elevee. J'ai l'impression qu'il y a quelque chose qui cloche avec mes donnees pour pouvoir continuer l'analyse. 

Est-ce qu'il serait preferable d'abandonner cette sequence des maintenant ? 

Solene Assie 

Bonjour Solène,

L’ORF que vous avez analysé est long, et les %identités sont élevés. En conséquence, il y a seulement des hits très hautement significatifs. Une valeur affichée comme  0.0 veut dire qu’elle est entre 0 et 1e-182, donc très petite.
Une façon de contourner cette situation sera de faire le BLASTp avec l’ORF raccourci. Prenez, par exemple, la première moitié de l’ORF. Cela va faire les alignements plus courts et les Evaleurs plus élevées, et avec un peu de chance, vous allez pouvoir différencier un groupe d’étude plus précis. Attention, pour l'alignement multiple, incluez bien la totalité de l’ORF.

La couverture taxonomique de Swissprot est nettement plus limitée que le Refseq_proteines. Utilisez Swissprot essentiellement pour trouver l’information sur la fonction de la séquence, mais pas pour la phylogénie.

Bon travail,
Emese