Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Arbre

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Arbre
maellejarnoux
29 Mar 2022 19:57
Contribution non évaluée

Bonjour Madame, 

 

Je suis désolée de voue déranger une nouvelle fois. J'ai retenté une nouvelle séquence et j'ai de nouveau le même problème, mes groupes sont encore "mélangés" dans mon arbre. Dois je essayer une nouvelle séquence ?

 

Cordialement 

 

Maëlle Jarnoux 

Meglecz21CTES
30 Mar 2022 14:26
Maître de jeu

Bonjour Maëlle,


La situation de cette séquence est similaire à votre séquence précédente. Vous avez que quelques hits qui ressemblent à l’ORF nettement plus que les autres séquences. De plus, ces hits proviennent des échantillons environnementaux (voir les fiches des séquences dans NCBI, par exemple https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/MBT3992706 ). Donc leur groupe taxonomique n’est pas certain.


Pour cette séquence, vous avez encore une option. Si on met en doute la provenance de 4 meilleurs hits de BLAST (e >1-160), vous pouvez les ignorer. Dans ce cas, la définition de groupe d’étude sera probablement différente.


Avez-vous fait le BLAST en excluant des séquences environnementales? Cela peut vous simplifier la tâche.


Tenter aussi le BLAST contre le BDD Refseq_protein, plus fiable que nr.


Enfin, prenez soin de prendre les meilleurs hits de chaque groupe que vous voulez représenter dans l’arbre. Par exemple, dans votre sélection actuelle vous avez bien pris les différent sous-groupe de Gamma:
Alteromonadales; Alteromonadales, Enterobacterales …Et c’est très bien. Assurez-vous d'avoir les meilleurs hit de chacun de ces groupes (peut être c’est déjà le cas).
Si vous allez redéfinir le groupe d’étude, ça sera probablement encore plus important.


Courage!
Emese Meglecz

maellejarnoux
30 Mar 2022 16:33
Contribution non évaluée

En effet c'est étrange j'ai bien coché la cas epour exclure les séquences environnementales. 

 

Je vous remercie pour votre réponse.

 

Maëlle Jarnoux