Bonjour Madame, 

J'ai de nouveau un soucis pour déterminer l'e-valeur seuil pour le BLASTp contre Swissprot. En effet l'e-valeur maximum est à 9,9, cependant toutes les fonctions mes paraissent être synonymes.  Comment puis je déterminer l'e-valeur seuil dans ce cas ? Prendre un e-valeur seuil à 9,9 me parit très élevé. 

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

Il n’est pas exclu que toutes les séquences soient homologues, même avec les e-valeurs très élevées, mais c’est rare.

Regardez bien les fonctions de hits avec >1e-10. Avez-vous des infos qui disent que par exemple le ‘Small ribosomal subunit biogenesis GTPase’ et synonyme à ABC transporter ATP-binding protein/permease ?

Vu qu’il y a beaucoup d’homologues dans swissprot, vous pouvez utiliser l’outil http://annotathon.org/outils/blast_definition_list.php pour simplifier votre tâche.

Bon travail,
Emese Meglecz