Bonjour,

Ma question concerne l'utilisation de la BDD SWISSPROT avec les recherches Blast. Doit-on l'utiliser uniquement pour confirmer les homologues et les domaines protéiques que l'on a trouvés avec Interpro ? Ou doit-on s'en servir pour la partie arbre phylogénétique et taxonomie ?

Merci pour votre aide,

Chiquitta

Bonjour,

La recherche d'homologues dans la banque Swiss-prot a pour objectif d'alimenter la recherche d'information sur la fonction probable de la protéine codée par l'orf que vous étudiez. Rappelez-vous que les annotation associées aux séquences présentes dans swiss-prot sont très riches.

Si vous détectez dans swiss-prot des homologues proches de votre séquences, les infos fonctionnelles associées pourront enrichir votre réflexion et compléter les informations collectées à partir de la recherche de domaines fonctionnels dans interpro.

Cordialement,

Céline Brochier