Bonjour,

J'ai une question concernant le Blast "classique" (Blastn). J'ai lancé une recherche avec ma séquence nucléotidique que j'ai retenue et qui présente des homologues et des domaines protéiques fonctionnels, et pourtant je ne trouve aucune similarité significative (No significant similarity found).

En changeant un peu les paramètres de Blastn, j'ai pu avoir un résultat mais pas satisfaisant (séquence de tomate...). Pourtant sur Blastp je retrouve bien les homologues attendus d'après les domaines protéiques. Pourquoi est-ce que la recherche Blastn ne donne rien ?

Merci pour votre aide,

Chiquitta

Bonjour,

Sauf cas très particulier, vous n'êtes pas censé faire de recherche avec blastn, car le blastn est utilisé principalement pour comparer des séquences nucléiques non codantes. Pour vos recherches vous devez utiliser le blastp et éventuellement le blastx (cf. règles du jeu pour l'utilisation de ce dernier).

Cordialement,

Céline Brochier