voilà , j' ai de très bons scores pour les CFB et green sulfur bactéria mais aussi avec les eucarytes
quand je fais l' arbre avec toute la diversité ... la sequence tombe toujours dans CFB.
De plus la recherche sue interpro donne "Proteins belonging to this family include hypothetical proteins from eubacteria and archaebacteria." ce qui explique l' homologie avec les eucaryotes .
Mais entres ces scores , je retrouve de l' homologies avec les a,b,d et g proteibactéries ainsi qu' avec les
spirchetes et high bacteria.Dois je faire un arbre non raciné avec un GE étude représenté par toutes ces cathégorie bactérie et eucaryote(sachant que la qualité de l'alignement n' est pas perturbée) ou peut on considerer que l' essentiel de la phylogenie de cette sequence se caractérise par GE "CFB" et un groupe ext "green sulfure" ???

binome magorne

Bonjour,

L'objectif de l'arbre phylogénétique est ici de suggérer un groupe taxonomique d'appartenance pour votre fragment d'ADN. Il ne s'agit en aucun cas de formuler une nouvelle hypothèse de phylogénie du vivant, des archae aux eukaryotes... En regardant brièvement votre Tax Report, il semble en effet que les Flavobacteria forment un groupe d'étude naturel; le différentiel de scores avec les Bacteroidetes étant assez conséquent, ces derniers peuvent éventuellement faire un groupe extérieur. En cas de doute (si vous pensez que votre ORF pourrait provenir d'une Bacteroidetes), vous pourriez partir sur les CFB comme groupe d'étude, et en effet les green sulfur bacteria en groupe extérieur.

A mon sens, il n'y a aucune raison d'inclure initialement des groupes plus éloignés, à moins que le premier arbre avec les groupes ci-dessus ne parvienne pas à faire nicher l'ORF dans le groupe d'étude (et d'après ce que vous dites, ce n'est pas le cas).

Soyez attentives à bien représenter les différents sous groupes des "CFB" (flavo/cyto/bactero) car il y a des chances pour que vous puissiez offrir un classement plus précis que le vague "CFB".

Enfin je ne comprends pas du tout la phrase "De plus la recherche sue interpro donne "[i]Proteins belonging to this family include hypothetical proteins from eubacteria and archaebacteria." ce qui explique l' homologie avec les eucaryotes . "[/i] qui me semble même un anti sens?