Bonjour monsieur, je suis en train d'essayer d'identifier le FCS dans mon alignement multiple, mais celui ci ne s'ajoute jamais comme une insertion. 

En effet, je vous présente ci dessous les alignements réalisés aussi bien avec Muscle, T-coffee ou ClustalW. Aucun d'entre eux ne me donne des alignements ou le FCS est correctement inséré. Je ne sais pas ce que je peux faire de plus, même après avoir suivi votre vidéo. Y aurait-il une autre étapes me permettant de mieux aligner mes séances ? Peut être en faisant une étape de curation plus ou moins stringente ? Merci

Après muscle :

Après T-coffee :

Et avec ClustalW :

Bonsoir,

Houlà, j'avoue que là c'est pas jojo bien que tu ais tout essayé !

Je pense que c'est probablement dû au fait que les séquences que tu tente d'aligner sont trop distantes. Le S1 de Spike est déjà pas évident à aligner au sein des Betacoronavirus, alors dans cet alignement où tu as aussi ajouté des Alphacoronavirus ça devient mission impossible.

Au vu de ton Rapport Taxonomique, avec tes meilleurs hits (et de très loin) avec les Sarbecovirus, tu peux trouver une définition de ton groupe extérieur plus limitée, et ainsi t'assurer que ton groupe extérieur n'ait pas besoin d'aller aussi loin que les Alphacoronavirus ?

Ainsi je pense que le MSA sera plus abordable :)