Bonsoir monsieur, 

Je suis hésitante quant au choix des domaines à conserver. En effet, je ne sais pas si je dois plutôt retenir dans la table 2, la famille (TonB-dependent receptor-like) avec une e-value de 1.2E-80, ou alors plutôt les deux domaines prédits par Interpro (ou les deux superfamilles plutôt car les e-values sont meilleures : 11 log et 27 log d’écart respectivement).

Je tiens aussi à préciser que les 3 descriptions (domaines à superfamilles) sont les mêmes, mais avec une petite subtilité :

• La description de la famille me donne un petit paragraphe de 3 lignes en plus sur le fait que cette famille de protéine est constituée de deux domaines.
• Les descriptions sont identiques entre le domaine/superfamille plug et les mêmes entre le domaine/superfamille beta-barrel (mais chacun des deux domaines/superfamilles a aussi un petit paragraphe de plus précisant sa fonction respective).

Ainsi, avec des e-value quasiment similaires à celle de la famille, j’aurais choisi les domaines ou les superfamilles pour mon tableau.

Je pense garder les 2 superfamilles puisqu’elles apportent des informations sur les domaines protéiques conservés, même si elles ont des e-values plus faibles que celle de la famille.  

Merci pour votre retour et bonne soirée

Ilona Mignerey

Oups, je suis désolée j'ai envoyé 3 fois le même message sur le forum, petit bug technique ! 

Bonjour,

Tes deux suggestions me semblent raisonnables. Souvent on préfèrera la plus longue prédiction qui couvre les autres plus petites, car souvent elle est plus informative. Par ex si une protéine a un petit domaine transmembranaire et un petit domaine ATPase, ces deux étant recouverts / chevauchants / inclus dans un grand domaine ABC transporteur, ce dernier est plus infiormatif car 1/ il implique les deux autres et 2/ il est plus "informatif" sur la fonction de cette protéine. Dans ton cas, les deux petits doamines inclus dans le plus grand sont aussi informatifs que le plus grand (le plus petits détaillent la fonction générale en sous domaines) donc me semblent aussi un choix tout à fait correct.

Bon courage dans la dernière ligne droite !