Bonsoir monsieur,
Je suis hésitante quant au choix des domaines à conserver. En effet, je ne sais pas si je dois plutôt retenir dans la table 2, la famille (TonB-dependent receptor-like) avec une e-value de 1.2E-80, ou alors plutôt les deux domaines prédits par Interpro (ou les deux superfamilles plutôt car les e-values sont meilleures : 11 log et 27 log d’écart respectivement).
Je tiens aussi à préciser que les 3 descriptions (domaines à superfamilles) sont les mêmes, mais avec une petite subtilité :
- La description de la famille me donne un petit paragraphe de 3 lignes en plus sur le fait que cette famille de protéine est constituée de deux domaines.
- Les descriptions sont identiques entre le domaine/superfamille plug et les mêmes entre le domaine/superfamille beta-barrel (mais chacun des deux domaines/superfamilles a aussi un petit paragraphe de plus précisant sa fonction respective).
Ainsi, avec des e-value quasiment similaires à celle de la famille, j’aurais choisi les domaines ou les superfamilles pour mon tableau.
Je pense garder les 2 superfamilles puisqu’elles apportent des informations sur les domaines protéiques conservés, même si elles ont des e-values plus faibles que celle de la famille.
Merci pour votre retour et bonne soirée
Ilona Mignerey