Bonsoir,
si PhyML ne fonctionne pas sur Phylogeny.fr, il faut utiliser le site mirroir (même site localisé sur un serveur à Montpellier) : cela avait été mentionné.
(Par contre, BioNJ fonctionne sans problème sur phylogeny.fr, MAIS ne focntionne pas sur le site mirroir).
Sur la page d'accueil de Phylogeny.fr, dans l'encadré gris, en bas, cliquez sur "Mirror Site".
C'est le même site, même présentation, seule différence, vous ne pouvez pas récupérer le format texte de l'arbre, uniquement format pdf ou png, il vous faudra insérer une image (voir message posté correspondant) ou refaire l'enracinement avec l'outil local à partir du format Newick.
Vous terminerez demain, j'accorderai un délai supplémentaire.
Bon travail,
BW